cuando se presenta una rectificstiva de una original, el sistema informático de hacienda asigna automáticamente a la original el estado de comprobando y a ka rectificativa el estado de se está tramitando; y esto a nivel contribuyente SOLO significa que las tienen que comprobar manualmente un funcionario para determinar qué ha cambiado de la original a la rectificativa y si ese cambio está correcto. En general, cuando hay rectificativas, las empiezan a comprobar una vez finalizada la campaña de la renta, 1 de julio.
Dicho esto, en tu caso y el de otro muchos que este año recibieron comunicación/notificación de discrepancias entre los datos de tu declaración en algún epígrafe y los datos que ellos tienen, proponen aceptar una rectificativa elaborada por ellos; en principio, si la aceptas debería ser más rápida la tramitación, pero deduzco que en estos casos, como en los de contribuyentes que recibieron también propuesta rectificativa y no la aceptaron, las han puesto en un "cajón" y cuando consideren las tramitarán conformes (lo habitual es que en la primera ponga "se ha tramitado estimándose no conforme" y en la segunda "se ha tramitado estimándose conforme y demás literatura". ¿Por qué lo hacen así? porque cada declaración presentada (original, rectificativa 1, rectificativa 2, complementaria) es un expedient distinto, y todo expediente abierto hay que cerrarlo.
Si te dicen que está todo en orden es que está todo en orden y no podría ser de otra manera pues has aceptado su propuesta. Es cuestión de paciencia, no deberías preocuparte, y no debería ocuparte, porque cuando esté tramitada te enviarán SMS/email/notificación a dehu, de que se ordenó transferencia.
Nota: de todos los casos wue conozco de contribuyentes que recibieron comunicación/notificación similar a la tuya de discrepancias de datos, los que aceptaron la propuesta rectificativa y los que no aún tienen pendiente la tramitación.
Nota: recordar que normalmente es en octubre cuando hacienda envía notificaciones para solicitar información/documentación explicativa, justificativa sobre el epígrafe que sea. Que no es tu caso