El valor de adquisición de un inmueble transmitido está formado por el importe de adquisición + los gastos de la adquisición + el importe de las mejoras (entendidas éstas a efectos fiscales) - las amortizaciones fiscalmente DEDUCIBLES.
Y sólo se pueden deducir amortizaciones en dos casos: cuando hay rendimiento de capital inmobiliario y cuando hay rendimiento de actividades económicas.
Así que es imposible que la AEAT haya hecho una liquidación CORRECTA aplicando amortización de ejercicios en que un inmueble no haya estado alquilado ni afecto a actividades económicas, porque ahí no hubo amortizaciones fiscalmente deducibles. Y, de hecho, no recuerdo ningún post de este foro donde alguien haya dicho que le han hecho tal cosa. Ése al que tú te refieres habla de que le han obligado a reducir el valor de adquisición del inmueble transmitido en un 1% anual durante todos los años en que, habiendo estado arrendado el mismo, el forero no aplicó la amortización inmobiliaria como gasto de capital inmobiliario. Sólo durante los años de alquiler; no en ejercicios en que el inmueble estuvo en otras situaciones.
El criterio de la Dirección General de Tributos (que se plasma, por ejemplo, en la respuesta a la consulta del INFORMA 148517) es que "para el cálculo de la ganancia patrimonial, el importe a minorar del valor de adquisición será el que resulte de aplicar el porcentaje efectivamente deducido durante el periodo de arrendamiento, siempre que no sea inferior al mínimo establecido (1% o 1,47%) ni superior al máximo permitido (3%)".
Y, como, de nuevo, hay que tener en cuenta lo "deducible", pues hay que considerar lo que resultaría deducible en cada período de arrendamiento; es decir: para calcular la amortización fiscalmente deducible de cada año se consideran los valores catastrales de cada año. No cabe decidir que, como el primer año, el valor catastral de la construcción fue X, pues tomo ése para todos los años. Aquí hay que mirar, cada año, el valor de adquisición o el catastral de ese año, y calcular la amortización fiscalmente deducible sobre la parte que corresponde a la construcción del más alto de los dos.
Eso, sin embargo, sí se hace en caso de que el inmueble haya estado afecto a actividades económicas: la amortización, en ese caso, se calcula teniendo en cuenta, siempre, el valor catastral del año de la adquisición, o del de la afectación, si es que no coincide con el primero.
¿Y por qué esa diferencia? Porque así lo establece expresamente la normativa del IRPF. No hay más que rascar.