Interpretación Disposición Transitoria 34

La empresa ya pagó por adelantado y de una sola vez las cotizaciones por una base de 4.000 hasta la fecha de mi 63 cumpleaños.
Parece ser que la SS le tendrá que devolver la parte de cotizacion correspondiente al subsidio para mayores 52A (cuando sea efectiva mi jubilacion), cosa que no acabo de entender porque el perjudicado soy yo (¿ por qué hay que financiar los despidos de la empresa?).
¿Por qué las cotizaciones de la empresa coincidentes con la del subsidio no sirven para "compensar" la subida de la BC que NO me han aplicado en ningún año?
¿Por que en el calculo web de la pensión no se aplican las bases que aparecen en el Informe Integral de Bases descargado de la TGSS? 
¿ Quien manda en eso, en INSS o la TGSS ?

El Convenio especial por ERE y la cotización del subsidio por parte del SEPE son Complementarios. Si tú suscribes un CE por hasta 4000€ la suma de ambas BC no puede exceder del importe total del Convenio.
¿por qué hay que financiar los despidos de la empresa? Aunque inicialmente la Tesorería le devuelva a tu empresa lo cotizado por el SEPE, desde el año 2011 las compañías con beneficios que afecten en sus expedientes de regulación de empleo (ERE) a trabajadores mayores de 50 años, están obligadas a realizar una aportación económica al Tesoro Público en compensación por el coste extra en prestaciones y subsidios por desempleo que asume el Servicio Público de Empleo Estatal (SEPE). Esto quiere decir que tu empresa posiblemente acabará pagando el 100% de la cotización del CE, el importe total del subsidio percibido por ti durante estos años, la cotización de los dos años del paro y el importe de la prestación de esos dos años.
Si querías haber cotizado por encima de los 4000€  lo tenías muy fácil: Tendrías que haber suscrito una Cláusula Adicional al CE por Hasta la Base Máxima de cotización. Esta cláusula, según el Acuerdo del ERE, hay empresas que te la reembolsan íntegramente, otras que te reembolsan una parte y después están las que no te la incluyen (la tuya). 
¿Por qué las cotizaciones de la empresa coincidentes con la del subsidio no sirven para "compensar" la subida de la BC que NO me han aplicado en ningún año?
Porque tú has suscrito un CE por HASTA 4000€. El CE hay que suscribirlo por una cantidad comprendida entre la Base mínima y la BM de ese momento. Posiblemente lo suscribiste por la BM que había en 2021: 4070'10€.
¿Por que en el calculo web de la pensión no se aplican las bases que aparecen en el Informe Integral de Bases descargado de la TGSS? 
El informe de BC no es muy fiable. Posiblemente vieras que tu empresa te cotizaba por 4000€ y el SEPE por el 125% de la base mínima. Pero incluso hoy esto es imposible. Tú no puedes cotizar por 4000€ con el CE y además por 1780€ del SEPE ya que la BM de cotización son 5100€. Además de que son cotizaciones complementarias.
¿ Quien manda en eso, en INSS o la TGSS ?
Todo lo que afecte a cotizaciones lo lleva la TGSS, tanto el CE como la CA al Convenio. Hasta el 30/09 puedes suscribir la CA al CE para empezar en 2027. 

Yo te respondo con otra pregunta ¿porque el estado tiene que financiar el ERE de una empresa con beneficio económicos? y aplica una reducción de plantilla sin tener qur cumplir unas normas ni control financiero y de la empresa por organismos externos de la administración y que otros gobiernos permitieron cargar sus caprichos a la SS, hasta que por primera vez a Telefónica se le exigió financiar, y además a pesar de exigir financiar al final al hacerse los CE hasta l9s 63 años esto genera una solicitud masiva de JA y asumir antes la SS esas jubilaciones, sin 9lv8dar que un CE las cuotas son inferiores a las cotizaciones a SS estando en activo.
Y sobre el informe de BC es totalmente fiable de acuerdo a las bases realmente abonados a la TGSS y que también hay un coste añadido al INSS para la gestión de esas JA mayor y eso no lo financiar la empresa sino el estado.