Hola,
Más allá de que para el fondo de emergencia uses un monetario puro o un ultra short (o parte y parte, que también es una opción), personalmente sí me gusta separar totalmente el fondo de emergencia de la cartera de inversión.
El motivo es porque la cartera de inversión va a ir creciendo año a año con mis aportaciones, que espero que tengan bastante peso, mientras que el fondo de emergencia salvo una pequeña subida por la inflación no lo voy a actualizar. En la cartera de inversión puede ser que incluya un ultra short o un monetario, con un peso constante del 5% o 10% por ejemplo, que representarán más euros a medida que la cartera de inversión crece. Entonces si meto el fondo de emergencia en la cartera de inversión, como ese fondo no tengo previsto que crezca, complica mi cálculo de porcentajes de la cartera y los rebalanceos. Porque el fondo de emergencia puede ser que al inicio de tu vida inversora represente un 90% de tu patrimonio, luego el 80%, luego el 70%... y a medida que tu cartera inversora crezca (si tienes suerte y te va bien) el fondo de emergencia debería representar cada vez menos.