Aqui el problema que tienes es si está finca está dividida urbanísticamente , es decir si figura como una sola vivienda a efectos municipales y de catastro, si es asi (y eso parece) tendrás que saber si esta finca permite plurifamiliar, (varias viviendas) porque si está calificada como unifamiliar, no conseguirás dividirla por mas que fisicamente esté hecho, da igual que tenga dos cocinas, valla de separación ... si las normas minicipales solo permite "unifamiliar" no tendrás forma de dividir la finca a efectos legales. y seguirá como ahora parece (eso entiendo) que tienes o compras el 50% de todo, no del 100% de una parte.
Un ejemplo par que se entienda: Una masia catalana, de pongamos 500 m2 de casa dividida en 3 plantas, mas las antiguas cuadras de anilmales que se habilitaron como garages, las eras exteriores, que por crecimiento de la población lo que antaño fue rústico, ahora es urbano porque quedó pagada al pueblo.
Como son 3 plantas y habian varios hermanos, cada uno rehabilitó una planta para él/ella y su familia ... pero la casa sigue estando calificada como unifamiliar, por tanto no podrán dividirla en 3 pisos, salvo que el Ayuntamientoc cambiase las normas de la zona y permitiera que sean plurifamiliares, mientras sea unifamilair, cada hermano/a tendra un 33% del total de la finca, de toda la finca.
En tu caso solo podrás legalizar esto en una finca independiente si la zona permite calificación de plurifamiliar, si es "uni" no va a ser posible.