Autónomos comparten gastos.

Buenas tardes somos dos compañeros autónomos independientes que estamos en un mismo local. Mi pregunta es la siguiente. Si el contrato de la luz por ejemplo está a mi nombre y el del agua a nombre del otro. Forzosamente tenemos que hacernos una factura o algo, o daría igual quien pague cada cosa. 
Para lo demás cada uno tiene sus propios clientes y sus propios proveedores. 
Por último podríamos intercambiar trabajos facturando uno al otro por la cantidad resultante una vez hayamos calculado los trabajos. Ej. Yo le hago trabajos por 1000 euros y el me los hace por total de 1500.
Hasta ahora lo que hacíamos es cuando se daba una diferencia de este tipo era hacer la factura por los 500 de diferencia al final de año y punto. 
O estaría mal hecho. 
Puede tener perjuicios?? 

Facturar sólo la compensación es incorrecto. Lo es contablemente y sobre todo fiscalmente porque sale perjudicado el fisco, al menos en el IVA. Cuando el fisco se ve perjudicado suele enfadarse seriamente.

En nuestro caso somos una actividad exenta de iva

Y el caso de los suministros? 

Sigue siendo incorrecto. Hacienda se enfadará menos, pero se enfadará y eso suele tener un coste.

En el caso de los suministros, lo correcto es firmar un documento (similar a un contrato) donde os comprometéis a pagar el 50% (o la parte que corresponda) del suministro a nombre de la otra parte). Mensualmente, o cuando sehaya acordado,el que haya pagado el suministro le pasa una nota de cargo al otro para que le pague, siempre por lo que corresponda exactamente sin ningún beneficio añadido.

Pero en una factura, la verdad es que nos hemos llevado un par de años sin hacer nada de esto. 

Por otro lado el que reciba la factura del otro que la incluye en suministros o hay que incluirlo en otro apartado

En cuestiones que tengan que ver con Hacienda, más vale tarde que nunca.
P.D. que yo sepa, en mi mensaje, no he mencionado ninguna factura.

No he dicho factura. 
El que recibe el cargo, lo debe contabilizar como suministros.

Es decir, te refieres que empecemos a hacerlo aunque sea a partir de este momento verdad. Oye perdona que no te haya dado las gracias en ningún momento

OK, y eso lo podemos hacer también con aparatos que se amortizaba el otro compañero y usamos en común o algún renting verdad?? 

Si empezamos a hacerlo a partir de ahora será mejor que si continuamos de la forma que estábamos no? 

Si el asunto se remonta a dos años, no veo complicado reconstruir la documentación desde entonces. Cuanto antes se regularice, menos riesgos.

En el caso de los aparatos, lo correcto es que el propietario se lo alquile al otro con el correspondiente contrato.
P.D. Visto tanto "coleguismo" entre esos dos autónomos ¿no hay vinculación alguna por parentesco, por ejemplo?