Autónomos comparten gastos.

Sí.

No, que va, lo que pasa que empezamos de la mano y el tema de llevar nosotros mismos nuestras cuentas pues creía que no era tan importante este tema. Pero me doy cuenta de que si tiene repercusion

No, que va, lo que pasa que empezamos de la mano y el tema de llevar nosotros mismos nuestras cuentas pues creía que no era tan importante este tema. Pero me doy cuenta de que si tiene repercusión. 
Como habría que hacer ese alquiler... O se hace igual que con los suministros. 

El alquiler se debe hacer mediante un contrato escrito donde figuren todas las condiciones (precio, período de pago, forma de pago, etc.).
Al no tratarse de un gasto compartido, el propietario debe facturarlo al otro autónomo según la periodicidad contratada. A falta de más datos, hay que cargar el IVA.

Gracias me vas aclarando bastante... Porque he hablado con algún asesor y dice que si me alquila por uso, no la puede usar el propietario actual y que yo tendría que comprar mi propia maquinaria. Nuestra actividad está exenta de iva. Supongo que aún así quien emita la factura al otro deberá cargarle ese iva, y el que tiene el gasto ponerlo como aumento del precio, igual que cuando recibimos productos de nuestro proveedores. Habría que aplicarle retención, porque en la actividad que desarrollamos no aplicamos retención. Perdone mi pesadez, pero quiero hacerlo bien, y a dos asesores que he preguntado pues no están muy puestos.  La forma de pago se refiere a efectivo, transferencia etc.. 

En cuanto al alquiler, es perfectamente posible alquilar un aparato cuando no se necesita en el negocio propio. No es obligatorio alquilarlo permanentemente. Todo dependerá del acuerdo entre las dos partes. Imagina que alguien tiene un apartamento en la costa y lo usa en verano, puede alquilarlo en invierno si encuentra a alguien que le interese. 

Aunque vuestra actividad esté exenta de IVA, el alquiler de algún aparato casi seguro que lleva IVA. No lo puedo asegurar sin más datos. Sería conveniente que, con datos concretos, consultes con un asesor, porque al tener una actividad exenta y otra no exenta podría complicarse la fiscalidad.

Si sois empresarios (no profesionales) no hay retención.

En la forma de pago me refiero a que puede ser pago al contado, aplazado, mediante pagarés, etc. Hay muchas formas de pago.

A ver el caso es que hay maquinarias que están en el mismo local. Y es para ver si la podemos usar los dos al mismo tiempo. Como fue el otro quien la compró, pues l pregunta es si yo le puedo pagar un alquiler por usar sus maquinas, igual que le pago la mitad del suministro. O las podría usar sin problema siempre que ella me lo permita. Yo pago la mitad del alquiler pues el alquiler si tenemos contrato los dos. Pero las maquinas por ejemplo son de ella, igual que parte del mobiliario etc. Pues cuando empezamos ella ya tenía la idea del laboratorio y cosas compradas e incluso algunas reformas echas. Yo al principio aporté mi maquinaria pero esta me la regalaron y prácticamente esta fuera de uso. De ahí parte lo de la idea de pagarle algún alquiler. Como ya sabes somos autónomos y nos dedicamos a la misma profesión. Pero nunca se nos dio la idea de asociarnos ni nada de eso, sino que cada uno rindiese y diese cuenta de sus trabajos, horarios clientes etc. 

Hay una cosa que se llama la libertad de pactos. Es decir que es perfectamente posible que tú le dejes a la otra persona usar tus máquinas y no le cobres nada. También es posible que se las dejes usar y lleguéis a un acuerdo para que te pague un dinero por ese uso (llámalo alquiler o derecho de uso o como quieras). 
En el caso de que cobres por ese uso, lo correcto es que tengáis un contrato con las condiciones pactadas y que se emitan las correspondientes facturas. Así evitaréis conflictos entre vosotros y con Hacienda.
En el caso de que se la dejes usar gratis, pudiera haber problemas con Hacienda si ese uso es económicamente relevante. Como no sé de qué máquinas se trata ni cuál es la actividad, no puedo dar una opinión rotunda. Por ejemplo, si un taller le presta a otro una llave inglesa, no hay problema pero si le deja usar el torno siempre que necesite tornear las piezas que vende al por mayor, pudiera haber problemas con Hacienda.

Ahora si lo he pillado. A ver nuestro taller es prácticamente artesano, pero hay alguna artesanía que si necesita de un horno por ejemplo. Luego esta pulidora y eso que entiendo que no es tan relevante. Pero por ejemplo el horno pues si. Tenemos una nevera que es mía, y bueno usamos los dos. En fin algo así. Digamos que las maquinas productivas son las que deberían de constar en ese alquiler no?. Y por ejemplo uno de los dos había adecentado un poco el local, por eso tiene que cobrar o si le da igual no es obligatorio? También por ejemplo el ordenador donde hacemos las facturas es mio de antes y la impresora eso por ejemplo yo le puedo dejar que imprima y lo use no? Por poner ejemplos. 
A partir de ahí, las facturas que nos hagamos pues supongo que deben llevar iva, aunque ambos estemos exentos?, retención si la actividad no es profesional? 

Dado que compartís un elevado número de activos (máquinas, ordenador, etc.), ¿no os habéis planteado crear una sociedad limitada? 
Consúltalo con tu asesor porque a lo mejor os conviene.

Es que nos dice que de momento tenemos pocas ganancias. Este año ha sido muy raro... Con muchos trabajos arrancando, parando, sin llegarse a terminar. El nos dice que aguanten os un par de años. 

Pues que os diga cómo solventar la situación actual hasta que pasen esos dos años sin correr riesgos innecesarios con Hacienda.