Seguramente declaraste la RAI por VG como ingresos en tu IRPF (cosa que NO debe hacerse) en ese periodo, con lo que para la Seguridad Social tuviste ingresos que son los que te descontaron de tu IMV en ese momento en la revisión de octubre del año siguiente y que ahora te reclaman devolverles.
¿Que puedes hacer ahora? pues pagar la deuda por cobros indebidos como te indique la Seguridad Social, acudir a Hacienda y realizar una rectificación de dicho IRPF y con el comprobante de dicha rectificación sellado por Hacienda o validado electrónicamente, solicitar a la Seguridad Social una revisión del IMV de dicho ejercicio (adjuntando dicha rectificación realizada en Hacienda) indicando que también han reclamado cobros indebidos del mismo en fecha X el cual seguramente cuando revisen el expediente ya estarán abonados por tu parte, por lo que solicitas te los reintegren... y esperar uno o dos años que es lo que tardarán en solucionarte la papeleta.
Moraleja: nunca declarar la RAI por VG ni otras rentas exentas en el IRPF excepto en los supuestos especiales de superar 1'5 veces el IPREM (que se declara el exceso como ingresos, eso lo sabe cualquier asesor fiscal), so pena de que ocurran luego cosas como esta.