Venta vivienda habitual en irpf

Las perdidas del usufructo las puedes compensar en los cuatro años siguientes. Reflejas la pérdida al declarar la venta y es todo. La venta del pleno dominio del 50% está exenta, ni se declara ni tributa. 
Te insisto en que tal y como lo cuentas no tiene la nuda propiedad, tiene el pleno dominio del 50%. 

Correcto respecto al pleno dominio del 50% (Gananciales) y el 50% usufructo (Aunque en los datos fiscales figura que tiene 50% Nuda P. y 50% Usufructo).
Queda claro lo que comentas respecto a la exención del pleno dominio, otra cuestión es reflejar el usufructo en la venta.

La vivienda h. se vende por el mismo valor que se informa y paga en ISD, con lo cual no hay ganancias ni pérdidas a priori, pero hay que considerar los gastos (registro, plusvalía...), con lo que al final de la operación hay pérdidas y son importantes.
La cuestión es como considerar y cuantificar esas pérdidas respecto al usufructo pues ya se ha visto que respecto al pleno dominio no se le vincula nada al estar exento.

Los datos fiscales pueden contener errores.
Lo que realmente vale es lo que diga la escritura de disolución y liquidación de gananciales y adjudicación de herencia.

Es como muy anómalo eso de 50 % nuda + 50 % usufructo, pues nuda+usufructo = plena propiedad.

Pero al caso, si realmente la cosa es:
50 % plena propiedad, x gananciales = transmisión exenta, no se declara

50 % usufructo = (el mayor de precio real cobrado o valor usufructo al momento de la trasmision ) - (valor usufructo al momento del ISD - depreciación usufructo 3 % anual + gastos ISD)
Puede dar un resultado negativo, o no. Si es negativo, se compensa con otras ganancias, o parcialmente con rendimientos del capital mobiliario de la base del ahorro.

Respecto al usufructo prorratea los gastos. Si los gastos de herencia fueron X y el usufructo es Y% del total, los gastos no individualizables imputables al usufructo son Y%.X. 
Como te han dicho revisa las escrituras. Es raro que hacienda se equivoque en algo tan simple. 

Es decir llevado el tema a un caso concreto y bastante habitual
Matrimonio en gananciales A y B tienen un hijo C, los tres conviven (domicilio habitual en la vivienda a tratar)
Fallece A y, C hereda la nuda propiedad y B El usufructo vitalicio.
Con posterioridad C (66 años) y B (87 años) deciden vender la vivienda
La posible ganancia patrimonial en la venta de la vivienda no estará exenta ni para C ni para B por no mantener ninguno de ellos la plenipropiedad de la misma.
Además B deberá de tener en cuenta para calcular el valor de adquisición:
Al valor de adquisición en la fecha de constitución del usufructo restarle
Por los ejercicios en los que los bienes inmuebles sobre la que se constituyó el usufructo estuvieron a disposición del usufructuario y no arrendados o cedidos (artículo 37.1.k) de la Ley del IRPF): el valor de adquisición deberá minorarse proporcionalmente al tiempo de uso.  Usufructo vitalicio: coste de adquisición x 3%

Creo que queda claro que el pleno dominio (50%) por gananciales está exento por ser mayor de 65 años.
Del otro 50% que posee el usufructo, debe tributar segun los cálculos siguientes:

89-85(años del viudo) = 4%, pero como la norma indica y exige un mínimo de 10% que se le aplica al valor de adquisición, en este caso 10% de 200.000 (Total vivienda hab.).
Resumiendo:
     - 50% pleno dominio: 100.000 (Exento)
     - 50% usufructo: Tributaría sobre 20.000 (10% de 200.000). Pero como no hay ganancia sino pérdida patrimonial  por los gastos (Pues valor ISD=Venta), se reflejaría como pérdida patrimonial el 10% de las mismas (10% de 2.975€).

Y por último se reflejaría en G y P patrimoniales:

Se abren dos elementos:

  - En el primero se refleja el importe del pleno dominio: V. transmisión - V. adquisic. (No se indican las pérdidas correspondientes pues hay exención).

   - En el segundo se refleja importe del usufructo: V Transm. - V. adq, en el caso que nos ocupa  20.000 - 20.000, no hay incremento patrimonial pero si pérdidas, es decir, 297,5€.

Sería correcto lo expuesto?.

No. La parte exenta (el 50% de plena propiedad) no se refleja de ninguna manera en la declaración 
 La ganancia o pérdida está exenta, punto final.

La parte del usufructo sí se refleja: fecha de adquisición, la de fallecimiento del causante; valor: 10% del 50% (10.000 euros según tus datos) + gastos derivados de la adquisición (prorratea al porcentaje de ese usufructo los gastos totales soportados por el señor) - 3% anual de depreciación del usufructo (si son 3 años, como dices, entre adquisición y transmisión, el 9% de 10.000 son 900 euros). Fecha de transmisión, la de la escritura de venta y, valor, los 10.000 euros que dices - gastos efectivamente soportados por el señor (plusvalía, inmobiliaria, factura del certificado de eficiencia energética...). 

Resumo a ver si lo he entendido:

1º Valor adquisición (ISD) 200.000. Valor transmisión 200.000
2º Fecha adquisición 25/05/2025  Valor transmisión 14/08/2025
3º Pleno dominio 50%= 100.000   Usufructo 50% , Valor del usufructo:10% sobre 100.000=10.000 (Aunque he leido por ahí que era del valor total de venta 200.000, lo cual no concibo).
4º Pleno dominio = Exento y no se refleja operación alguna en G y P patrimonial.
5º Usufructo = Tributa y se refleja en G y P patrimonial de la forma:
          V.Tr. - V. Ad. (10.000 - 10.000) = No ganancia pero si perdidas por los gastos incurridos que fueron en total 2.975€ y al prorratear el 10% relativo al usufructo serían 297,5€.
6º No hay depreciación del usufructo a considerar al transcurrir entre ambas operaciones solo 81 días.
Y creo que es todo?

Ojo, aunque sólo hayan pasado 81 días, sí hay depreciación: si 365 días es un 3%, 81 días es un 0,67%, que, sobre 10.000, son 67 euros.
Los gastos, hay que tener en cuenta que, en la herencia, habría más cosas además del inmueble (dinero en cuentas, por ejemplo), y sólo son gastos deducibles los relacionados con ese porcentaje de usufructo del inmueble. Y sólo los soportados por este señor. 
Si no hay más bienes ni derechos en la herencia, los gastos deducibles serían el 10% del 50% de los soportados por él; tal y como lo estás diciendo tú, serían 148,75.
Es decir: entre la depreciación y que, igual, los gastos son menos porque no los haya pagado él, sino los hijos, o porque haya más bienes en la herencia y el importe deducible sea menor, igual no hay pérdida, sino ganancia.

Una sugerencia para este caso: en lugar de donar los hijos la parte del dinero de la venta al padre para que él compre otra casa, que la compren entre los 3, el padre el usufructo y, los hijos, la nuda propiedad y así, ni pagan ahora por la donación, ni pagan por la sucesión cuando el señor fallezca.

No eran correctos mis cálculos respecto a las pérdidas porque consideraba el 10% sobre el total de las mismas y no respecto al valor del usufructo, es decir, en vez de los 297,5, serían 148,75 tal como tu comentas.

Respecto al tu último párrafo, estuve considerando la posibilidad que tu comentas, pero era inviable cuando me enteré que la vivienda que iba a adquirir era de carácter vpo y por lo tanto debía registrarse solo a su nombre descartando los hijos, los cuales tienen sus viviendas respectivas. No obstante te agradezco tu aporte @@enasua, al igual que a todos los demás que habéis ayudado @rucko, @cachilipox, @renciayera.

Un saludo.