Venta vivienda habitual en irpf

Las perdidas del usufructo las puedes compensar en los cuatro años siguientes. Reflejas la pérdida al declarar la venta y es todo. La venta del pleno dominio del 50% está exenta, ni se declara ni tributa. 
Te insisto en que tal y como lo cuentas no tiene la nuda propiedad, tiene el pleno dominio del 50%. 

Correcto respecto al pleno dominio del 50% (Gananciales) y el 50% usufructo (Aunque en los datos fiscales figura que tiene 50% Nuda P. y 50% Usufructo).
Queda claro lo que comentas respecto a la exención del pleno dominio, otra cuestión es reflejar el usufructo en la venta.

La vivienda h. se vende por el mismo valor que se informa y paga en ISD, con lo cual no hay ganancias ni pérdidas a priori, pero hay que considerar los gastos (registro, plusvalía...), con lo que al final de la operación hay pérdidas y son importantes.
La cuestión es como considerar y cuantificar esas pérdidas respecto al usufructo pues ya se ha visto que respecto al pleno dominio no se le vincula nada al estar exento.

Los datos fiscales pueden contener errores.
Lo que realmente vale es lo que diga la escritura de disolución y liquidación de gananciales y adjudicación de herencia.

Es como muy anómalo eso de 50 % nuda + 50 % usufructo, pues nuda+usufructo = plena propiedad.

Pero al caso, si realmente la cosa es:
50 % plena propiedad, x gananciales = transmisión exenta, no se declara

50 % usufructo = (el mayor de precio real cobrado o valor usufructo al momento de la trasmision ) - (valor usufructo al momento del ISD - depreciación usufructo 3 % anual + gastos ISD)
Puede dar un resultado negativo, o no. Si es negativo, se compensa con otras ganancias, o parcialmente con rendimientos del capital mobiliario de la base del ahorro.

Respecto al usufructo prorratea los gastos. Si los gastos de herencia fueron X y el usufructo es Y% del total, los gastos no individualizables imputables al usufructo son Y%.X. 
Como te han dicho revisa las escrituras. Es raro que hacienda se equivoque en algo tan simple. 

Es decir llevado el tema a un caso concreto y bastante habitual
Matrimonio en gananciales A y B tienen un hijo C, los tres conviven (domicilio habitual en la vivienda a tratar)
Fallece A y, C hereda la nuda propiedad y B El usufructo vitalicio.
Con posterioridad C (66 años) y B (87 años) deciden vender la vivienda
La posible ganancia patrimonial en la venta de la vivienda no estará exenta ni para C ni para B por no mantener ninguno de ellos la plenipropiedad de la misma.
Además B deberá de tener en cuenta para calcular el valor de adquisición:
Al valor de adquisición en la fecha de constitución del usufructo restarle
Por los ejercicios en los que los bienes inmuebles sobre la que se constituyó el usufructo estuvieron a disposición del usufructuario y no arrendados o cedidos (artículo 37.1.k) de la Ley del IRPF): el valor de adquisición deberá minorarse proporcionalmente al tiempo de uso.  Usufructo vitalicio: coste de adquisición x 3%