El estado de "se está tramitando", se asigna automáticamente cuando queda grabada la declaración enviada, NO SIGNIFICA NECESARIAMENTE QUE SE HAYA INICIADO EL PROCESO.
El estado de "se está comprobando" se asigna automáticamente a aquellas declaraciones que por determinadas causas pasan al ",montón" de las que tienen que revisarse por funcionario. NO SIGNIFICA NECESARIAMENTE QUE EL FUNCIONARIO YA SE HAYA PUESTO A LA FAENA.
Cuando se presenta una declaración rectificativa, automáticamente se les asigna a la original el estado de se está comprobando y s la rectificativa el estado de se está tramitando. En general, aunque habrá excepciones, se ponen con ellas una vez finalizada la campaña actual de la renta (30 de junio). Aunque la buena como decís es la segunda o la tercera... básicamente comprueban las discrepancias/diferencias entre una y otra para determinar la causa y por supuesto si la segunda o tercera está correcta, porque aquí la mayoría da por hecho que la rectificativa que han enviado es correcta sí o sí.
Es después del verano cuando mayoritariamente envían notificaciones para adjuntar documentación explicativa sobre algún tema, que llaman comprobaciones limitadas porque con el envío de la documentación requerida queda resuelto y poco después las estiman conforme.
Cuando hay errores de concepto en la aplicación de las normas tributarias o un error al cumplimentar casillas que no corresponden y cambia el resultado de la declaración, envía una liquidación provisional para ser aceptada o presentar alegaciones si no se está conforme.