Duda alegaciones procedimiento comprobación limitada

Le viene a un cliente una paralela en la que se propone eliminar unos rendimientos del trabajo y pasen a rendimiento actividades economicas. El autónomo tenía derecho a aplicar reducción por inicio de actividades económicas en ese ejercicio, y así se aplicó en la declaración original sobre la que viene la parelela. 

En dicha paralela la administración no aplica la reducción por inicio de actividad económica. 

No voy a recurrir el fondo, pues no veo que se pueda hacer nada, pero si alegar que debe aplicarse la reducción por inicio de actividad económica para pagar menos, ya que los rendimiento del trabajo los meto en el mismo epígrafe (y único en alta) con derecho a la reducción por inicio. 

Mi idea es presentar complementaria, ahora en fase de alegaciones, y en las alegaciones explicar que se acepta la paralela pero con la aplicación de la citada reducción y que por ello se ha realizado una complementaria, adjuntándola. 

Lo veis correcto el proceder? Podré evitar una hipotética sanción mostrando conformidad y la realización de esta complementaria (que es diferente a la paralela pues lleva la reducción de inicio de actividad económica)?.

Gracias por adelantado.