Registrar y liquidar modificación pago aplazado ???

Hace casi un año adquirí unas participaciones en una sociedad limitada, una parte al contado y otra a unos determinados plazos, calculando intereses al legal del dinero (3,00%) y todo ello figurando en escritura pública. Se hizo con intereses porque ambas partes éramos socios de la "SL", y se consideró que en una comprobación se podría considerar como "vinculados", por aquello del artículo 18 (creo) del Impuesto de Sociedades. Con intereses o sin ellos, poco iba a cambiar la valoración de la sociedad, porque el precio pactado superaba el mayor de los tres que considera la AEAT (capitalización, teórico contable o capital social), con lo cual no cambio en nada el pacto la inclusión de intereses en la parte aplazada. 

Debido a una inversión que ha supuesto una nueva ampliación de capital, hemos acordado con el vendedor de aquellas participaciones de 2018, modificar el cuadro de pagos establecido en escritura pública, y perfectamente cumplido hasta la fecha, mediante un documento con el recálculo de cuotas que obviamente supone modificación de los intereses (de su total) incialmente pactado y que figura en tal escritura.

Pregunta .... ¿sería recomendable, liquidar esta modificación contractual en la oficina liquidadora? 

Tal vez lo ideal sería hacer una modificación de la escritura, pero no cambia el precio total, solo la forma de pago, que por cierto se hizo sin ninguna reserva de dominio, únicamente la garantia personal del comprador, por tanto entiendo que un gasto innecesario, incluso a efectos legales. 

La escritura pública es obligatoria para la transmisión. Dado que la transmisión ya se produjo, el cambio actual no exigiría documento público. A mi entender, con un documento privado que incluya el nuevo cuadro y con los pagos subsiguientes ajustados al mismo, sería suficiente.

P.D. En los pagos aplazados, creo recordar que legalmente se exige una garantía bancaria, pero me da la sensación de que muy pocos lo cumplen.

De lo segundo, ni siquiera me lo advirtió el asesor fiscal de la empresa, ni desde luego el notario.

De ser así entiendo que no invalida nada ... ni podría ser una infracción grave ¿o si? ...

Como sabes hay un tipo de infracción a la ley de sociedades, que se produce muy a menudo en pequeñas empresas, que es la financiación de participaciones propias, no es nuestro caso, pero aprovecho para comentarlo. Es cuando se inicia una sociedad con un determinado capital, y acto seguido los socios retiran parte del mismo vía préstamo..... 

O una ampliación de capital con préstamo de la propia empresa, que aparenta lo que no es.

En este caso la financiación no es de la propia empresa, ni se ha "triangulado" con "inventos de TBO" ...simplemente el vendedor lo financia por sus propios medios.

Por supuesto que no invalida nada, ni consta en ninguna norma que sea ninguna infracción. Supongo que la ley pretende dar garantías de cobro al vendedor, nada más.
Los notarios, que rara vez asesoran convenientemente, suelen cubrirse las espaldas poniendo un párrafo del siguiente estilo "... hechas las advertencias legales".

En cuanto a las infracciones que mencionas, las hay variopintas. Lo del préstamo de la propia sociedad para acudir a una ampliación es un clásico.