Autónomo societario

Buenas tardes,

tengo que hacer la declaración de un compañero que ha formado una sociedad limitada con su hermana. Me dice dice es autónomo societario y como tal declara a hacienda como cualquier trabajador por cuenta ajena, él recibe de su empresa su nómina. 

Mi duda surge porque en los datos fiscales veo la siguiente nota:

  Compruebe que sus cotizaciones a la Seguridad Social como autónomo no se han duplicado, incluyéndose como gastos de Seguridad Social de sus "rendimientos del trabajo".

Ha pagado su cuota de autónomo por un valor de 3717,79, ¿No se deduce estas cotizaciones? en los rendimientos de trabajo no figuran. Y si son deducibles  ¿dónde hay que ponerlas?

Gracias

 

Puede ser, aunque no lo aseguro, la respuesta de un autómata que interpreta que si cotiza al RETA no puede ser trabajador por cuenta ajena.

A ver, yo no he dicho que sea trabajador por cuenta ajena, dije que declara como un trabajador por cuenta ajena. Es autónomo societario y paga su cuota como tal. Pero no factura ni presenta módulos. Yo solamente quiero saber sus cotizaciones deducen. En sus datos fiscales aparece como empleado