Puedo estar dado de baja de autonomo antes de la declaración trimestral?

Buenas tardes, 

He decidido cesar mi actividad durante este mes de setiembre y darme de baja como autónoma tanto en la seguridad social como en hacienda. Mi duda es si debo esperar a presentar la declaración de iva del 3r trimestre antes de darme de baja o debo esperar a presentarla antes de hacerlo. Si me doy de baja tendré que presentar la declaración trimestral del tercer trimestre? 

No tiene nada que ver. Debes estar de alta mientras desarrolles una actividad. Luego viene lo de tener que presentar declaraciones, que te puede tocar hacerlo una vez ya estés de baja. Piensa que incluso después de morir tienes que presentar declaraciones (tus sucesores, pero no a título propio, sino como representantes).

En tu caso, te correspondería la declaración 3T2018, y las correspondientes anuales (390 IVA, 347 operaciones > 3.000 €,...)