Hay muchos autonomos que tienen empelados en nomina, muchos.
Conozca a bastantes amigos cuyo empleador es un autonomo, esto es, el pagador de sus nominas patas negras es un dni, no un CIF de empresa.
Entiendo que si da con unagente de Kuttxabank que se la deniega, lo podría justificar presentando algún modelo del empleador persona fisica, por ejemplo un 036 de alta de la actividad con el DNI coincidente con el pagador de la nómina, o las cotizaciones sociales, o incluso un modelo 303 de IVA etc...
No he oidos casos de problemas en ese sentido, en el que el pagador de la nomina sea una persona. Pero claro, es posible que ninguno de ellos tenga cuenta en el banco que has puesto como ejemplo; aunque en dicho caso, caso de ser pata negra de verdad, probablemente se podrá resolver el entuerto en poco tiempo con la justificación comentada.
Saludos