Al preguntar si el funcionario está más obligado por la ley o por el deseo de los políticos, estás dando por sentado que los deseos de los políticos son ilegales. Si ese es el caso, a la cárcel con ellos.
No me fío más de un político que de un funcionario, ni viceversa. Creo que ambos tienen posibilidades de hacer las cosas mal o hacerlas bien. Pero al político, podemos echarlo entre todos si no nos gusta. Al funcionario, no. Es verdad que al funcionario podemos echarlo si es un capullo declarado. Pero si es simplemente vaguete, si es obstaculizador en un puesto clave, si lo que él sabía hacer ya no tiene utilidad, o si no es capaz de reciclarse, no podemos echarlo. No hace falta ser un ilegal absoluto que incumpla sus contratos para no ser útil. Al funcionario cumplidor y poco útil, no podemos echarlo. Al político honrado y poco útil, sí. Al funcionario inflitrado convenientemente por los políticos en algún momento de la historia para hacer política desde su puesto, tampoco. Sinceramente, no tengo muy claro que una cosa sea mejor que la otra para los que pagamos sus sueldos.
En cualquier caso, los bonos de productividad nunca han sido un elemento para hacer justicia, sino para hacer que las cosas funcionen de la forma más eficaz y eficiente. Por eso, aun en el caso de que los criterios estén clarificados de antemano, siempre han tenido un elemento de arbitrariedad. Pero si esa arbitrariedad redunda en beneficio del servicio habrá cumplido su función. El objetivo no es ser justo (aunque muchas veces sirva para hacer justicia a los que más y mejor trabajan) sino mejorar el rendimiento global. Entiendo que a los funcionarios eso no les guste (al empleado casi nunca le gusta la visión de su jefe), pero a la hora de definir los parámetros a utilizar, como "jefe" de esta empresa, creo que lo que debe primar es el efecto sobre la eficacia y eficiencia del servicio, antes que la justicia del reparto (que no digo yo que tenga que ser injusto, sino que no debe ser el parámetro principal).
Ten en cuenta que lo que planteas es también muy peligroso: montar las cosas de forma que el político (a quien le hemos dado el poder) realmente no tenga tal poder. Eso está influido por la lacra de políticos pésimos que vivimos últimamente, pero si surgiera un político excelente, ¡igual resulta que no puede conseguir sus honrados objetivos porque carece de poder! ... o porque va contra los intereses particulares del grupo que trabaja a sus órdenes. Antes que crear otro nuevo grupo difícil de controlar, prefiero controlar mejora a los que ya tenemos.