Hola,
Por lo que comentas, supongo que el despido fue alegado por la empresa como disciplinario/objetivo y tú, al estar en desacuerdo, procediste a recurrir la misma ante la jurisdicción social y en primera instancia, la sentencia ha sido favorable a tus intereses, reconociéndose como improcedente. La empresa, para recurrir en suplicación ("segunda instancia", debe -por obligación legal- consignar la cantidad en el juzgado, como indicas que ha hecho, ya que de lo contrario se hubiera inadmitido el recurso.
Pero ello no te va a suponer ningún problema -en principio-: como la indemnización es la legal -es decir, no se te está más que la indemnización estipulada en el Estatuto de los Trabajadores, no una cuantía superior a dicho mínimo- y si la misma no es superior a 180.000€, la indemnización está exenta de tributar, es decir, aunque aparezca en tus datos fiscales, no se incluirá en ningún apartado de la declaración y el resultado de la misma no variará. Es una cuantía que recibes "limpia"; sin Impuestos ni cotizaciones.
En el caso de que la cuantía sea superior a dichos 180.000€, el exceso deberá tributar. Pero en ese caso, a pesar de que aparezca en los datos fiscales, si tú tienes suficientes prueba documental para justificar que la resolución judicial todavía no es firme -se debe incluir el exceso en el ejercicio que la sentencia ya sea firme definitivamente-, es perfectamente posible eliminar su incorporación automática de la declaración. Es decir, si los datos fiscales informados por la empresa son erróneos, mientras que se pueda probar porqué se han rectificado si la AEAT te notifica un requerimiento acerca de dicho aspecto, es perfectamente lícito corregir los datos fiscales para que la declaración refleje la situación real según las reglas fiscales.
Espero que así te haya quedado más claro,
Un saludo.