Fiscalidad de intermediación de pagos y comisión

Me gustaría conocer cuál es la forma correcta a nivel contable y fiscal a aplicar cuando se realiza una intermediación de pagos entre un cliente y el proveedor de un producto, cuando en el proceso se retiene una comisión facturada a dicho proveedor. Es decir, el cliente paga un precio por el producto que nosotros le entregamos, el cual sería facturado directamente por el proveedor de dicho producto al cliente, y nosotros transferimos al proveedor dicha cantidad habiendo retenido nuestra comisión que facturas dicho proveedor por nuestro servicios.

Ej: El cliente nos paga 120EUROS (trasnferencia bancaria, bizum, efectivo, ...) que sería el precio de venta del proveedor. Nuestra comisión es de 20EUROS que le facturamos al proveedor, y por tanto le transferimos los 100EUROS restantes.

Tengo un pequeño negocio que se dedica a prestar un servicio de gestión y atención al cliente para otras empresas que venden un producto. Hasta ahora nuestro modelo de facturación se basaba en comprar el producto y revenderlo al cliente final con nuestro margen, es decir, teníamos una factura de gasto emitada a nuestro nombre por el proveedor y nosotros facturamos luego al cliente final. Esto nos ha ocasionado problemas y tener responsabilidades de las cuales querríamos liberarnos, y queremos seguir ofreciendo el mismo servicio pero facturandoselo directamente al proveedor y ser intermediarios del pago.

Cuál sería la forma de poder justificar correctamente esas entradas y salidas de dinero en nuestras cuentas.

Lo más importante es que, por vuestra comisión, tenéis que emitir factura al proveedor con su correspondiente IVA.
Contablemente y fiscalmente, esa factura será un ingreso. 
Dependiendo de la forma de pago del cliente final, posiblemente tendréis que darle un justificante de pago. 

Efectivamente la idea es hacer una factura al proveedor. La duda reside en si no nos pondría un problema hacienda si se detectase o investigase las entradas y salidas de dinero en nuestras cuentas (por intermediar en los pagos).

El justificante de pago debería ser de nuestra parte o del proveedor? (Este último emitiría factura en cualquier caso al cliente)

La entrada y salida de dinero no es problema estando debidamente justificada. Hay muchos negocios de ese tipo, algunos relacionados con el Estado, por ejemplo los despachos de loterías.
En cuanto al justificante del pago, lo tendríais que dar vosotros por ser los receptores del dinero. Y me refiero principalmente al caso de pago en efectivo que exigiría la entrega de un recibo. Si el pago es a través de banco (transferencia o tarjeta) no es necesario recibo porque ya hay un justificante bancario.

Muchas gracias por las respuestas tan detalladas @juan-lackland. La última duda es a que te refieres con debidamente justificadas. Cómo reflejamos eso en nuestras cuentas?

Cuando cobras el servicio al cliente y dando por supuesto que hay justificante del cobro (bien recibo o justificante bancario), haces el siguiente asiento (por ejemplo con 120 €):
120 (57X) a (55X) 120
Cuando facturas tu comisión al proveedor y le pagas la diferencia, haces lo siguiente:
120 (55X)
                        a (705) 16,53 
                         a (477) 3,47
                         a (57X) 100

Muchas gracias de nuevo @juan-lackland.

La parte de la declaración se la delegaríamos a nuestra gestoría, pero siempre viene bien tener claro el proceso.