Duda plusvalias

Una duda. 

Mi mujer ha hecho plusvalias vendiendo 3 fondos este año, ya le retuvieron el IRPF correspondiente, creo que el 19%. Pero tiene varias acciones en perdidas. 

Mi duda entonces es, puede vender algunas de estas acciones para activar minusvalias iguales a lo que ganó en los fondos, y así que le devuelvan en el IRPF en junio lo que le retuvieron en los fondos?

Y luego, puedo yo comprar esas mismas acciones cuando ella las vende, en mi cuenta, ya que ella las tiene para mantener a largo plazo? Está permitido hacer estas operaciones? No he encontrado ninguna explicacion en la web de hacienda diciendo si se permite o no siendo una pareja.

Saludos y gracias

sí puede compensar pérdidas en acciones con ganancias en fondos.

Para saltarse la regla antiaplicación de 2 meses (sin son acciones de una empresa con sede en la Unión Europea) o 1 año (si son de fuera), se requiere que los titulares de las cuentas de valores sean distintos, para que no se consideren valores homogéneos.
Si estáis casados en separación de bienes, es claro que se cumple si se venden acciones de una cuenta titularidad exclusiva de tu cónyuge y se vuelven a comprar en una tuya o de ambos. Si estáis casados en gananciales, no lo tengo tan claro, ya que aunque el titular "formal" sea solo uno, Hacienda considera que el titular "real" son los 2 en temas como el modelo 720 de bienes en el extranjero.

Presentamos la declaración de la renta por separado. O sea que si te entiendo bien está permitido y no aplica la regla esa de los 2 meses si mi mujer vende unas acciones con pérdidas y como marido las compro en mi cuenta justo después?

no se trata de que presentes la declaración del renta en la modalidad individual o conjunta, sino cuál es el régimen matrimonial: separación de bienes o gananciales. 
Puedes estar casado en separación de bienes y presentar declaración conjunta y puedes estar casado en gananciales y presentar declaración individual. Son temas distintos.