El certificado de empadronamiento colectivo e histórico debe reflejar la realidad... si han cometido algún error en el ayuntamiento y lo han corregido, pues perfecto.
Si quieres estar más seguro, vuélvete a sacar dentro de una semana, por ejemplo, un nuevo certificado de empadronamiento histórico y otro colectivo, y revisa que salga correcto con lo que tiene que salir.