Tienes toda la razón con el redondeo matemático puro, pero es que Hacienda y los sistemas informáticos bancarios diarios funciona con reglas de acumulación.
Como tu retención exacta es 0,4446 €, si te retuvieran siempre 0,44 €, la Agencia Tributaria saldría perdiendo esos 0,0046 € cada día. Para evitarlo, el sistema informático va guardando los decimales invisibles en un "bote". Al tercer día, esos decimales acumulados suman lo suficiente para forzar el salto a los 0,45 €. Mañana o pasado volverás a los 0,44 € hasta que el bote se vuelva a llenar.
Así que tranquilo, no te están engañando, está todo correcto.