Consulta porcentaje vivienda

Buenas noches, os quería hacer una consulta.
En unos días firmo la compra de una casa (190mil) en la cual somos 2 titulares, mi mujer y yo. Yo he aportado 50 mil€ (el 20% + los gastos). 
Entiendo que el día que vaya al notario deberíamos indicar esto verdad? Estoy casado en regimen de separación de bienes y por las moscas prefiero que todo esto quede por escrito.
El notario refleja esa cantidad, o refleja el porcentaje ?¿... sabéis alguno como va el tema?

Muchas gracias!

El notario refleja el porcentaje de propiedad de cada uno. Se supone que el pago es en la misma proporción porque si no es así, habría una donación implícita.