Si hacéis la renta conjunta, no cambia nada: en la conjunta las rentas de los dos se suman (art. 84.5 de la Ley del IRPF), así que los intereses tributan igual vayan al 50 % o todos a tu nombre. La retención que os practica el banco sigue a los intereses, así que tampoco cambia.
Importa el día que hagáis la declaración por separado, y ahí depende de qué dinero sea. Si estáis en gananciales y son ahorros de tu sueldo durante el matrimonio, ese dinero ya es de los dos (art. 1347 del Código Civil) y el 50 % que pone el banco es el correcto (art. 11.3 de la Ley del IRPF). Si es privativo tuyo (de antes de casaros, de una herencia) o estáis en separación de bienes, los intereses son tuyos enteros y en la individual habría que pasarlos a tu declaración. Ojo, que el régimen por defecto no es el mismo en toda España: en Cataluña y Baleares, por ejemplo, es el de separación.
Sobre lo de que ella «gane dinero» con el depósito: abrirlo a nombre de los dos no la convierte en dueña de la mitad. Mientras el dinero siga siendo tuyo y ella no lo use, no hay donación.