Puede la empresa seguir pagando con una IPT?

Hola, en mi empresa dan una indemnización de 50 mil euros por una incapacidad permanente en cualquiera de sus grados por enfermedad común. La paga la propia empresa esa indemnización,  no la paga ningún seguro, el seguro sólo la paga si es por accidente. 

Podría la empresa pagar esa indemnización mes a mes en vez de pagarla de golpe? Es decir, dividir esos 50.000 en 50 meses a razón de 1000 euros al mes? O no podría pagartela mes a mes si no existe relación laboral? Lo digo pq lógicamente no habria cotización por ese dinero.Gracias 

Si pretendes ahorrar en impuestos el camino no es ese.
A. Norma general (art. 14.1 LIRPF):

1. Los Rendimientos del trabajo y los del capital se han de imputar, no en el
ejercicio en que se cobran, sino en el que estos sean exigibles por su perceptor
(criterio de devengo)
Dicho esto tú puedes llegar al acuerdo de que la empresa te lo pague en 20 años. No obstante, al ser una indemnización recibida de forma irregular admite una reducción del 30%.

Vale, gracias,  ahora ya sé que por ahí no se puede ir.

Pero  olvidándonos del seguro...sería legal que la empresa te siga pagando, por ejemplo,  1000 euros al mes durante 5 años al ser concedida una incapacidad permanente a un trabajador como un acuerdo entre empresa y comité de empresa para mitigar la pérdida económica al ser concedida la incapacidad?

Lógicamente al estar en situación de incapacidad permanente la empresa no podría cotizar por ese dinero.

Es decir, puede la empresa en caso de incapacidad seguir ingresando un dinero al mes a sus empleados?

Al igual que la empresa debe reconocer el gasto en el momento en que se conoce, el año en el que acontece la incapacidad, tú debes reconocer el ingreso en ese mismo ejercicio.
Se puede mentir, si, se puede intentar, aunque complicado. Una empresa no puede regalar 1000 euros al mes sin soporte legal y real (con iva, sin Iva, con cotización..???). La única vía, a mi entender, es la del 30%.
Salvo mejor opinión. 

Vale, pero lo del 30% valdría para un acuerdo de indemnización que pague la empresa por una incapacidad permanente por enfermedad común? Tenia entendido que no, que era sólo para accidentes,despidos,etc...

Renta generada durante más de dos años y generada de forma irregular. Son los condicionantes y a mi entender se cumplen en este caso. El derecho lo has generado durante toda tu vida laboral.