Duda sobre retenciones con cambio de contrato

Buenas tardes, en septiembre del año pasado me hicieron un cambio de contrato de prácticas a indefinido en la empresa donde trabajo. Cuando me hicieron este cambio desde hacienda me cobraron en 4 meses lo que para ellos tenía que haber pagado durante TODO el año (mas o menos un 26% para compensar todo el año) ya que solo me estaban reteniendo un 2% por el contrato de practicas y con el nuevo contrato cambió a 13,09%, hasta donde entiendo solo tenían que cobrarme con este porcentaje (13,09%) por los 4 meses que entraban en el cambio, no por el año completo, ¿alguien mas que le haya pasado esto alguna vez y sepa como obtener una devolución por lo que han cobrado de más? Me ayudarían bastante, muchas gracias!!

lo que han hecho probablemente es correcto; la empresa calcula la retención según lo que calculan que te van a pagar en el año y el tipo de contrato. Si en primera instancia se acababa el contrato en septiembre un contrato en prácticas, estaban reteniendo según estas circunstancias. 
Al cambiar el tipo de contrato, recalculan y te pegan el palo, es muy típico cuando se amplía un contrato, o te suben el sueldo a mitad de año. Al final en el cómputo del año saldrá ese 13% que indicas, pero no distribuido de forma homogénea. Se limitan a hacer lo que les obliga la ley.
Tendrás que mirar ahora en tu borrador si te devuelven algo y si es así, presentas la declaración. Y si te sale a pagar y no tienes obligación, pues no la presentas.

Anda, pues asumía que por haber estado pagando lo que correspondía al contrato vigente en ese momento solo debía aplicar a los últimos 4 meses el 13% y no a todo el año y por ende devolverían una gran parte, ahora mismo lo que me sale a devolver es mínimo (sin contar lo que devuelven de vivienda habitual). Incluso tenía pensado pagar una gestoría por si había algo que estaba yo haciendo mal pero ya veo que no entonces (los últimos dos años la he hecho yo misma y siempre me salía a devolver mas de lo que me esta saliendo en este borrador). 

Muchas gracias por la información @bacalao 😊

piensa que si te hubieran retenido solo el 2% hasta septiembre, luego el 13% el resto de los meses y no tienes obligación de presentar la declaración, te hubieras ahorrado un dineral sobre el 13% aplicado a todo el año.
La Banca siempre gana, Hacienda en este caso, y tienen contemplada en la normativa que no te escapes en estas circunstancias.

El sistema siempre gana 🥲

@bacalao otra consulta por si me puedes ayudar, en la declaración del año pasado mi chico y yo (haciendo declaración por separado) obtuvimos la deducción por vivienda habitual, este año hemos hecho lo mismo, a mi me la han aplicado pero a el no se le refleja en el borrador, en una llamada que tuvo con el soporte de hacienda le digeron que podía ser por ser mayor de 35 años (que no lo es, tiene 32 ahora mismo) ¿Conoces si podría haber alguna otra razón?¿Depende del sueldo anual? tipo no se devuelve si cobras mas de 30mil al año o algo así. Gracias nuevamente!

imagino que estás hablando de alguna deducción autonómica por adquisición de vivienda habitual, pues la estatal solo es para viviendas adquiridas antes de 2013.
Mírate las condiciones si es así, creo que varias Autonomías marcan condiciones efectivamente de edad y límite de ingresos para poder aplicarla. Si no estáis casados, a cada uno se lo miran por separado pues no seríais "unidad familiar" y entonces puede que uno tenga derecho y el otro no.

Es la deducción autonómica de Madrid por arrendamiento de vivienda habitual, pero me acaba de comentar un amigo que las condiciones son ser menor de 35 años con ingresos menores a 25.620 al año los cuales el sobrepasa, por eso no le tocan en esta declaración ni me tocaran a mi en la del próximo año.

Muchas gracias por la ayuda!! Que tengas buena tarde!