Inspeccion por ganancia patrimonial no declarada

" y según hacienda, el valor es el patrimonio neto que arrojaba el balance a 31/12/2016, que eran 930.000 euros "

Eso no es "según hacienda". 
El valor de balance es el que el propio obligado tributario autodeclara en el impuesto de sociedades (salvo error, o revisión de hacienda que lo corrija).

Me cuesta entender como una sociedad declara que su patrimonio neto en balance es de  930.000 €, y unos meses después los socios únicos "venden" esa sociedad que contiene un valor de 930.000 € por solo 6.000 €. 
Solo le encuentro dos explicaciones (puede que la real sea una tercera, totalmente inocente):
a.- Realmente lo que se hizo y se pretendió hacer era una donación del negocio, solo que se ficcionó esa apariencia de compra-venta a un valor irrisorio para eludir la tributación asociada a esa donación.
b.- Realmente esa sociedad no vale eso, no contiene ese valor de patrimonio neto, pues a lo largo de los años se ha ido vaciando/distribuyendo beneficios, sin declararlos adecuadamente. El valor de balance es un mero apunte contable, sin correlato con la verdadera situación de tesorería y caja.

Todo correcto salvo que el coeficiente reductor creo que sería el doble 28,56% (salvo que se constituyera el 30-12-1993) porque las fracciones de año computan como año entero.
En tal caso, la exención sería de unos 112.000 €. Menos da una piedra.

Se trata de una sociedad que se constituye con 6.000 € y en 3 años tiene 930.000 €. 
No es muy normal tener ese volumen de beneficios aunque tampoco es imposible. Lo más recomendable es revisar las cuentas, a ver si hay algún error en el importe del patrimonio neto o si ha habido alguna ampliación de capital o aportaciones de los socios. Es muy importante esa verificación porque fiscalmente hay mucho en juego.

Si todo está bien,  es muy aconsejable lo que propone Cachilipox y, en el peor de los casos, alegar el abatimiento.

Gracias. Yo que diría que mis cálculos son correctos ya que el coeficiente reductor para las no cotizadas es de 14,28% por cada año de permanencia. Si las fracciones se redondean por exceso, da igual en que momento de 1993 se fundó la SL, que el periodo de permanencia son 2 años (1993 y 1994). Y por lo tanto la reducción es el 28,56%. Exención de 56.000€.

Respecto a tus dos explicaciones:

Si es la A), tiene que pillar a un buen abogado y pelear para que le apliquen el régimen de donaciones de empresa familiar (tanto a los efectos de la exención para el donante en el IRPF, como a los efectos de la reducción para el donatario en el ISD).

Y si es la B) también tiene que contratar un buen abogado y un perito que demuestren que el valor de mercado de la empresa es nulo. El artículo 37.1.b de la LIRPF hace una inversión de la carga de la prueba, de manera que el contribuyente tiene que probar que el valor de mercado es inferior al valor contable que utiliza Hacienda (Hacienda tiene a su favor una presunción iuris tantum de que el valor contable es el de mercado, pero esta presunción puede ser destruida por el contribuyente).

En ambos casos huele a que habría que llegar a la jurisdicción contenciosa. Pero por los importes, podría merecer la pena.

Es verdad. Perdón por "pasarme de listo". 
Es tal y como dijiste en tu mensaje.

Si
La venta fué en 2017, perdon

Es la b, totalmente

Si es la B en gran cuantía, a lo mejor es preferible no remover el asunto. Una inspección pudiera generar más impuestos con recargos y sanciones.

Hay participantes realmente expertos en este foro, las respuestas parecen de asesor de primera.

Los impuestos de plusvalías me parecen injustos en el sentido de que no tienen en cuenta la inflación (una inflación que, por cierto, crea el estado....).