Compensación subvención compra de vivienda con pérdidas de venta de otra vivienda

En 2016 he vendido mi vivienda anterior con pérdidas, estas me han venido saliendo estos años en la declaración como base imponible del ahorro para poder usarlas en los 4 años siguientes. 
En 2017 he comprado una vivienda VPO y me han dado una subvención que me viene en la declaración como base imponible general.

¿No deberían de estar en la misma base imponible? ya que al final es vender y comprar??

¿Puedo compensar de alguna manera la subvención con esas pérdidas?

Un saludo y muchas gracias

no, porque la pérdida al vender una vivienda deriva de una transmisión patrimonial y por ello va en la base del ahorro. 
Mientras que una subvención no deriva de transmisión alguna (aunque la hayas solicitado y recibido a partir de una compra, son actos distintos; la compra la hubieras hecho igual, lo mismo que si te dan una subvención por cambiar la caldera en tu casa, o el ascensor de la Comunidad de vecinos), y por ello se incluye en la base general del IRPF.
Y actualmente no hay compensaciones posibles entre base del ahorro y base general.