Consulta sobre contabilidad y ficalidad de un autónomo con varias actividades

Hola soy un nuevo autónomo y me he dado de alta en 3 actividades en el modelo 37 al darme de alta en la ss me reconocía la principal (economista). 

La cuestión es que las tres actividades son profesionales aunque en una de ellas no tendré que retener para el irpf porque son clases particulares a particulares de enseñanza no reglada.

¿Como llevo la contabilidad para el 303 y 130? ¿Tres libros de ingresos y gastos? ?y los gastos los pondero en función del volumen de cada actividad? Es posible que facture al principio sólo de las clases particulares y nada de economista (porque estoy buscando clientes) ¿facturo todos los gastos a una actividad? Y al final en el 303 y 130 como llevo el agregado no importa?

Otra duda es: la retención a cuenta del irpf es del 15% podría subirla al 21% qué implicaciones tiene? Así me neteo el iva. ¿al subirme más retención (podría ser que me devolvieran más tarde de hacienda por haberme retenido de más?) como véis estoy hecho un poco de lío así.

Me recomendáis que lleve la contabilidad en excel? 

Socorroooo me he lanzado a la piscina y veo que hay muuuchos más temas de los que creía jjj.