Buenas tardes:
Te explicas muy bien.
Lo primero que tienes que responderte es si las viviendas tienen más de 20 años.
Si hace más de 20 años que son de su posesión entonces no se producirá el hecho imponible del IIVTNU, por lo que da lo mismo que las divida que no, si no cambia la LRHL.
Lo que ha de ser tenido en cuenta es lo de más de 20 años, ya que dice el Tribunal Constitucional en las STS 26/2017 y 37/2017 que el gravamen solamente se anuda a la titularidad durante un período de 1 a 20 años.
Después de 20 años la titularidad no está sujeta al IIVTNU.
El gestor sabe, pero tendrá que leerse las sentencias del TC, ya que el asesoramiento es incompleto.
Lo de censarse correctamente si tendría transcendencia, pues de hecho ya están divididas, aunque no de forma jurídica. Pero eso queda anulado por la tenencia de más de 20 años.
Respecto del Impuesto de Sucesiones y Donaciones ISD, lo que ocurre es que solamente se produce la bonificación para la vivienda donde tiene la residencia habitual.
Pero he de decir que de esa bonificación participan todos los llamados a la herencia, no solamente la persona que genera esa bonificación, ya que los otros partícipes tienen están obligados a una serie de condiciones.
El decir, el montante hereditario se divide entre los partícipes y todos ellos participan entonces de esa bonificación, porque reduce el montante.
Con esto quiero decir, que si la divide entonces solo se aplica la bonificación a una de las viviendas. Pero la bonificación tiene un límite:
Art. 20. Base liquidable. Ley 29/1987, de 18 de diciembre, del Impuesto sobre Sucesiones y Donaciones. TEXTO CONSOLIDADO Última modificación: 28 de noviembre de 2014
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"Del mismo porcentaje de reducción, con el límite de 122.606,47 euros para cada sujeto pasivo y con el requisito de permanencia señalado anteriormente, gozarán las adquisiciones "mortis causa" de la vivienda habitual de la persona fallecida, siempre que los causahabientes sean cónyuge, ascendientes o descendientes de aquél, o bien pariente colateral mayor de sesenta y cinco años que hubiese convivido con el causante durante los dos años anteriores al fallecimiento."
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Aunque, no esté dividido horizontalmente si hay dos viviendas de propiedad de la misma persona en la misma escritura, ya son dos viviendas. Si en la escritura solo consta una, entonces solamente hay una vivienda, ya que nada impide que tenga equipamiento doble.
Resumen, para IIVTNU el tema es irrelevante si son más de 20 años, pero para el ISD puede tener su importancia.
Cada Comunidad Autónoma tiene su particularidades de ISD.
Saludos.