Si. La bonificación que se pueda aplicar a cada IMV como "incentivo al empleo" solo es en base a la diferencia de ingresos por trabajo, la ganancia patrimonial que indicas es aparte, de forma que aunque te puedas beneficiar de dicho "incentivo al empleo", el dinero obtenido por esa otra operación te lo van a computar como ingresos a descontar para determinar tu IMV.