Si hay una caída de un servidor en un banco y no tienes todo tu patrimonio en acciones, me parece que lo que menos te preocuparía sería si el banco sabrá si tienes o no acciones... Menuda hecatombe puede ser eso.
Como indicas, la preocupación es muy coherente, Hacienda sabe el precio de venta, pero no el de compra.
Desde que se integraron los mercados en la plataforma electrónica, allá por el 1989 los datos de compra/venta están registrados electrónicamente, así que en principio no hay problema porque el Banco tendrá registro (si la caída de servidores es que se formatea todos los registros del banco, perdería hasta los datos de los depósitos, hipotecas etc)
Efectivamente si tienes las acciones compradas desde antes del 1989 y no tienes el registro electrónico, deberás tener un justificante físico que diga al menos el día de compra, y consultando la cotización de ese valor el día oficial te sale el precio.
Yo por las compras realizadas tengo el registro contable en el banco (que se perdería en el caso que comentas) y también tengo el papel que informa de la transacción realizada...
Al caso, se comentaba en el año 2012 que 2013 sería un año de fuerte actividad solar, con radiaciones electromagnéticas fuertes, y en algunos medios se podía leer artículos que auguraban un riesgo de pérdida de información en servidores... Al final no ha sucedido nada anormal, pero el riesgo según algunos investigadores está ahí. Por eso digo, que en un momento dado, si cae algún servidor y pierde toda la información, sería un caos interesante.
Saludos!