El CoronaVirus y su gestión

Varios comentarios:

Observación virus en Barcelona. 
Desde luego, coincido en que es poco relevante por ser única muestra positiva y por haber habido un congreso mundial 2 semanas antes. El que no haya habido más positivos parece demostrar que la enfermedad no se transmitió localmente en la ciudad. Además habría saber cómo se analizan esas muestras, porque una especifidad del 95% en el test, si la haces durante 90 días seguidos del invierno 2019 tienes un 98,8% de probabilidad de obtener al menos 1 falso positivo. 

Confinamientos.
Si miramos la curva de casos diarios de contagiados (que realmente son contagiados-sintomáticos, apenas un 10% de contagiados reales) parece que R0 se comportó desde aprox 1,40 hasta el 12 de Marzo pasando a algo menos de 1,20 tras esa fecha y hasta máximo de curva de contagios-sintomáticos. La diferencia es enorme por ser progresión geométrica, ojo. Esto haría pensar que sí ha funcionado, lo cual no significa que no se hubiese podido hacer mucho mejor. Todos los países más o menos han acabado haciéndolo, aunque aquí nos queda la duda de si la decisión ha sido epidemiológica o política (hacer lo que han hecho los demás para refugiarme en ello ante críticas políticas).

Finalmente creo que Turquía ha sido el país que más ha acertado con su estrategia.

De los test PCR se han reportado falsos negativos, pero sería el primer caso conocido en que se reportase un falso positivo.
El falso negativo puede explicarse o por la baja calidad del kit, o por la especificidad del primer utilizado. Si tu estás mirando y buscando esa y no otra cepa, puedes tener potochones de coronavirus de otra cepa distinta, y no ver nada.
El falso positivo, ínédito hasta ahora en la literatura coronavírica, es más complicado de explicar.
Habría la sugerencia de algunos de "contaminación". Pero claro, en una prueba única a una sola diana, un positivo no puedes saber si es por contaminación o por acierto.
Pero estas muestras fueron sometidas a CINCO TEST distintos, dando positivo en dos test, los de secuencias centrales del genoma virico susceptibles de mejor conservación, y negativas en tres test de secuencias más periféricas, suscetibles de rápida degradación.
Además, los dos resultados positivos dan estimaciones levemente diferentes.

Si fuese por contaminación de una muestra actual, habría dado positivo a los cinco test, o a varios de ellos.
De acuerdo que en virología nada es descartable.
Pero la inusual combinación de dos falsos positivos en una fecha muy peculiar, junto con la necesaria presencia de algún que otro falso negativo, en correlato con una posible contaminación de esa muestra y solo de esa,.....
No se, es tan improbable que exista otra posible explicación, tan tan improbable, que no me queda otra que considerar que al menos un coronavirus SARS-CoV-2 ya nos visitó en el MWC-2019.

Hay que considerar, además, que lo que el equipo estaba buscando eran precisamente negativos de la presencia de SARS-CoV-2, para demostrar la bondad del sistema Centinela de control de aguas fecales. Y que todas las muestras analizadas dieron negativo, como esperaban, y servía para demostrar la bondad del sistema de análisis, salvo esa muestra concreta.
Estos días se ha publicado que Madrid (CAM), en sus protocolos y sistemas de alerta temprana y vigilancia COVID-19, ha incorporado también un procedimiento Centinela de análisis de aguas residuales.

Sobre la chapuza y aberración epidemiológica del confinamiento salvaje de la población sana, es un sesgo de gestión muy habitual y generalizado en inversión colectiva, por ejemplo. Eso que dicen que nadie juzgará mal a un gestor de carteras por mal invertir en un Blue Chip, pero que lo despellejarán si mal invierte en un chicharro.
Gestión de rebaño, se podría llamar al asunto.
(El problema es que aquí, los borregos han demostrado ser verdaderos carniceros homicidas)

Respecto a la especificidad, por lo que he podido leer, es muy alta en las PCRs, pero muy alta es entre 97-99%, pero no del 100%, por lo que aunque infrecuente siempre pueden darse falsos positivos (1-3%). No entiendo por qué dices que sería el primer caso conocido. Es mucho más probable el falso negativo, de acuerdo, pero ello no quiere decir que la probabilidad de falso positivo sea 0,00%.

En cualquier caso, si se trataron conjuntos de 5 muestras y 2 obtuvieron resultado positivo, entonces esa probabilidad de falso positivo ya sí que es casi despreciable y se podría dar ese resultado por correcto.

Respecto a la actuación del gobierno, veo que te inclinas por decisión política de cubrirse las espaldas más que por decisión técnica epidemiológica (corrígeme si he interpretado mal). Personalmente pienso que en efecto ha sido así. Tras los errores del 8M (manifestaciones, fútbol y mítines) y el gravísimo error de preanunciar el estado de alarma con fin de semana por delante (fuga de personas desde focos de infección como Madrid y Barcelona de forma irresponsable aunque no ilegal pues no había estado de alarma), se optó por decisiones severas más por conveniencia política que por convicción epidemiológica. 

Poder decir que se han tomado "las más duras medidas de confinamiento" (algo cierto) tratando con esa frase y hecho apuntalar y transmitir a la población que "se ha hecho lo máximo posible" (algo falso). Equiparar confinamiento duro con máximas y eficaces medidas es falaz. Ahí está como prueba de ello el bajísimo nivel de testeo PCR al inicio de la pandemia, cuando más importante era para contenerla.

Nunca sabremos que hubiera pasado sin confinamiento. Turquía podría darnos una pista positiva con mortalidad de 60 fallecidos/millón ... también Suecia ya en el lado negativo con 523 fallecidos/millón. En cualquier caso mejor que nuestros 606 (que andarían por los 1000 reales con datos MOMO).

" se optó por decisiones severas más por conveniencia política que por convicción epidemiológica "
Y por supuesto, dentro del consenso político general de la mayor parte de gobiernos de la UE.
Lo que podríamos denominar el " consenso general de la comunidad internacional ".
Consenso político, que no técnico ni epidemiológico.

Sobre el disláte técnico de lo hecho (por muchos paises), un fragmento de un artículo de hoy:

"Si unos novedosos viriones menos agresivos ingresan en un individuo y le dejan hacer vida normal con mayor comodidad que si le hubiesen invadido otros más virulentos, serán más fácilmente transmitidos por este portador. Porque un infectado por estos mutantes más “soportables” hará una vida más contagiosa que si estuviese postrado febril en cama o aislado en un pabellón de un hospital. El virus más moderado va imponiéndose en la población con una estrategia infalible: dejar a su portador ir a fiestas o congresos.

Así, poco a poco, se van volviendo más frecuentes las partículas virales menos agresivas, que se adaptan a la convivencia con su hábitat, esto es, nosotros. Cuando un virus llega por primera vez a una especie puede mostrar distintos grados de virulencia hacia su hospedador, pero si consigue perpetuarse es porque acaba mostrando una tendencia a alcanzar un equilibrio de convivencia. Si el virus se adapta a nuestra vida y nos dejar ir en metro tranquilamente y salir con nuestros amigos, será un mejor superviviente que si nos elimina. "

https://www.eldiario.es/sociedad/agresividad-SARS-CoV-2-Cuidado-ilusiones-enganosas_0_1042895914.html

Falta por desarrollar y mencionar que al ser el virus un parásito necesario obligado, al no tener vida propia autónoma y solo poder ser "ser vivo" cuando vive en el huesped, dichos comportamientos sociales que irían asociados a un virus no virulento son y deben ser bi-direccionales. 
Dicho de otra manera, solo favorecemos aquellas cepas menos virulentas y más amigables si hacemos el tipo de vida social que esa cepa no virulenta nos permitiría hacer. 
Bloqueando la expansión de posibles cepas poco o nada virulentas, dejamos todo el campo de juego a las más virulentas.
Co-evolución se llama a este fenómeno.
Nosotros, y las decisiones de estilo de vida que tomenos o nos impongan, somos el "ecosistema" del virus.
Que prevalezca un mutante coronavirus trivial, o uno mortal, depende, en buena manera, que le proveamos de ecosistemas propicios para el trivial o para el mortal.

(Nota 1: Ni en las sabanas africanas hay pingüinos, ni en las planicies antárticas hay cebras, aunque ambos bichos sean blanquinegros)

(Nota 2: Plantearse que BOE en mano seríamos capaces de extinguir un virus..... Es de una soberbia indescriptible. Solo hemos sido capaces de extinguir, mediante métodos sanitarios, 2 virus y medio, tras décadas, o incluso siglos, de profundo conocimiento de la enfermedad y adecuadas vacunas)

Pues sí, interesante artículo el de "eldiario.es" sobre previsible evolución del virus por propia estadística ó selección natural. Sólo las mutaciones que convivan con nuestro modo de vida prosperarán.

La duda es si este hecho puede estar ya en curso. Es decir, si ya podemos decir que en efecto las cepas/mutaciones actualmente con mayor difusión son las que más se han adaptado a nosotros y nuestro modo de vida y por tanto menos virulentas.

Como dice el artículo de "eldiario.es" , afirmar esto con rigor científico llevará meses o años a la ciencia, pero quizás podemos empezar a estar viendo indicios. Esto lo han afirmado en un hospital en Lombardía. Por otro lado, vemos que en algunos países aumenta la curva de contagiados a la par que disminuye la curva de fallecidos. Esto puede ser debido a la menor virulencia del virus, también puede deberse a la mayor calidad/profundidad de diagnóstico (se detectan más contagiados y la letalidad observada es menor) o puede deberse a ambos factores simultáneamente (cada uno en su proporción).

Por ejemplo:
US: Se da la disminución de fallecimientos con el aumento paralelo de casos. Es posible que se den ambos hechos (virulencia y diagnóstico).
India: letalidad observada de apenas un 3% ... o no cuentan los muertos o testean y diagnostican muy bien (no parece por el número de test realizados) o el virus que tienen mayoritariamente ya se porta con menor agresividad.

Ciertamente un tema interesante.

Bueno, yo no me atrevería a afirmar que de estos 2 artículos se puede deducir de forma inequívoca que "NO se aplanó la curva". La curva de contagios (En España más bien curva de contagios sintomáticos, puesto que no se testearon asintomáticos hasta mitad de mayo porque "no aportaba información") depende directamente del número reproductivo básico (progresión geométrica) y por tanto la cuestión es saber si el confinamiento ha sido capaz de reducir este número o, por el contrario, aumentarlo.

Pienso que hay factores que contribuyen tanto a reducir como a aumentar: Se reducen los contactos sociales con el confinamiento (positivo) pero este contacto social menor tiene lugar en espacios cerrados, reducidos, mal ventilados en general y sin radiación UV (negativo). No sé cuál de los 2 factores pesará más ni si hay estudios que se pronuncien al respecto. Un estudio serio sobre esto sería definitivo.

En cuanto al "efecto cosecha" con el adelantamiento de unas 3.500 muertes (algo ya pronosticado en el foro por un compañero) pues sí que ha sido un factor de sobrecarga en hospitales, pero tampoco puede atribuirse al confinamiento únicamente. Yo lo atribuiría realmente al virus (en mi opinión) que precipitó la muerte de esas 3.500 personas, con seguramente severas patologías previas.

"Aplanar la curva", letanía que durante días y semanas se escuchó hasta la saciedad, pueden ser dos cosas distintas.

Puede ser lo que explicó Fernando Simón, antes del estado de alarma, que consistía simplemente en que NO disminuirían los casos esperados, ni los fallecimientos atribuibles, pero que todo iría mucho más ralentizado, y así la capacidad de asistencia de los servicios sanitarios no colapsaría.

O ahora a toro pasado, puede ser la otra versión explicada por Pedro Sánchez, que consiste en la cantidad tremebunda de muertos que hemos evitado (centenares de miles según dice), aun y a pesar de haber reventado el sistema sanitario.

"Demostrar" algo que NO ha sucedido es muy complicado, así que en principio es difícil optar por una u otra versión del aserto.
Solo que, de manera indirecta, hay indicios y criterios que podemos usar.

El primero sería el estudio comparativo. Lo que nos lleva a observar que más o menos en todas partes, el impacto del golpe del bicho ha sido muy similar. Hayan hecho algo, otralgo, o nada.
Las diferencias más significativas las podemos atribuir muy fácilmente a protocolos de medicion totalmente dispares (si tu mides "una cosa" con "unas unidades", y yo mido "otra cosa" con "otras unidades", el resultado necesariamente será dispar).

El segundo sería uno que hay que tomarlo con pinzas (el famosérrimo "ad personam"). Y la verdad, para mi, por currículum académico, coherencia argumental y trayectoria, tiene muchísima más credibilidad Fernando Simón que no Pedro Sánchez.

Así que me quedo con la explicación simoniana del alargamiento y ralentización de "la misma cantidad de casos".
Y en base a esa definición, es más que obvio e indiscutible que NO se produjo lo del aplanamiento de la curva (ni nosotros, ni ningún otro pais que haya reportado con un mínimo de seriedad), que era la gran causa y razón para el confinamiento y la destrucción del PIB.

No es sorprendente, es tan simple como que no sirve de nada un procedimiento del siglo XIV para una pandemia del siglo XXI.

Yo pienso que el bicho HA TRATADO DE HACER LO MISMO en todos los sitios porque ninguna cepa genéticamente diferente de las iniciales ha demostrado mayor letalidad o capacidad infectiva. Seguramente ahora eso ya no sea así y estemos ante virus más amables con el huesped, como ya se ha expuesto aquí (menos letales y más infecciosos). Pero una cosa es que el virus se porte igual y otra que haya logrado hacer el mismo daño en todos los sitios. Para mí es evidente que no ha hecho el mismo daño en todos los sitios y esto ha sido principalmente debido al plan de actuación de cada país (diseño y ejecución de ese plan). Es difícil medir y comparar todos los parámetros por diparidad de criterios, pero como se ha dicho aquí, la cifra de muertos máxime si se completa con informes de exceso de mortalidad, son la mejor medida del impacto en cada país y además la más fiable. En consecuencia la mortalidad se convierte en el parámetro más fiable que nos permite juzgar la eficacia de la gestión de cada país. Bajas mortalidades (Corea, Japón,Alemania) y altas mortalidades (UK, España, Bélgica) no son casualidad sino fruto de la actuación de cada país.

Respecto a lo que comentas de F. Simón, veo difícil saber si en efecto se aplanó la curva sencillamente alargándola en el tiempo (eso creo que es seguro) o sí además se evitaron contagios, como ya opiné en mi post anterior. Lo cierto es que no se ha llegado a la inmunidad de grupo (diagamos entre 30% y 60%) luego la epidemia parece que sí se paró en cierto grado, aunque no podemos comparar contra el hecho de no haber confinado.

Respecto a lo que comentas de Sánchez, esa afirmación de salvar a 450K no tiene base científica alguna y no merece más discusión. Es sencillamente una metira propagandística acuñada por el gabinete de presidencia para enmascarar la pésima gestión de crisis llevada a cabo. Dada la letalidad del virus y contando con la inmunidad de rebaño, jamás hubieran muerto en España 480K. 

Claro, con el dato de marzo 2019 en Barcelona , con positivo tras análisis de muestras de aguas fecales se lo hemos puesto a huevo.

Publicado el informe final sobre el estudio de seroprevalencia:

https://www.isciii.es/Noticias/Noticias/Paginas/Noticias/ENECOVID19resultadosfinales.aspx

Finalmente un 5,2% de la población española ha tenido contacto con la enfermedad, por lo que la letalidad quedaría entre 1,2% con datos oficiales reportados a OMS y 1,9% considerando datos también oficiales de exceso de mortalidad. Estos datos ya están en consonancia con las estimaciones del IHME y la Universidad de Washington y pienso que pueden darse por buenos (rango 1,2-1,9).

A destacar también una mayor incidencia entre la población de riesgo por edad, aunque no en grado importante. Yo diría que no hemos protegido a nuestro mayores pero tampoco han sido sobreexpuestos de forma significativa en relación a la exposición media que ha tenido la población adulta.

Otro dato interesante (no proviene de este estudio) es que el 40% de los contagiados detectados (250.000 en total) han requerido hospitalización y un 4% han requerido tratamiento en UCI. Personalmente pienso que este ha sido el gran problema de esta pandemia. En casos de gripe, incluyendo la campaña 2017 con alta letalidad (no recuerdo exactamente pero del orden del 1%) me imagino que las hospitalizaciones distaron muchísimo de este 40%.

Un saludo

Gripe 2017, cepas A y B(H3N2):
700.000 infectados leves,
52.000 hospitalizados,
unos 15.000 fallecimientos atribuidos (aunque solo unos 700 explícitamente reportados como causa directa).

Sobre la alta tasa de hospitalización COVID: si por una decisión política y administrativa (no médica) cierras multitud de servicios de asistencia primaria, y decides centralizar en el sistema hospitalario todo el seguimiento y tratamiento de COVID, incluido la mera retención y observación de casos asintomáticos (o sea, "no-casos"), es lógico que salgan esas elevadísimas tasas de hospitalización, y es lógico que el sistema hospitalario durante días-semanas, en muchas partes, realmente colapsó.

Sobre la prevalencia estimada por estudio de seroprevalencia, el 5,20 % de la población, si se añade que una parte de la inmunidad es làbil (la inmunidad de anticuerpos IgM e IgG inespecíficos), y se pierde por el camino (y por tanto es indetectable unas semanas después), y que al parecer en buena parte de la población (infantil especialmente), al parecer es la inmunidad celular la que se encarga del asunto (y tampoco es detectable por el ensayo de seroprevalencia), no es temerario afirmar que la prevalencia "REAL" del SARS-CoV-2 puede haber sido de alrededor de un 10 % de la población.

Sobre los fallcimientos a atribuir por COVID, una muy interesante entrevista con el epidemiólogo jefe de Asturias, que dice algo muy claro al respecto:

" La mortalidad general ha aumentado, una buena parte es por covid, pero otra no, se debe en parte a que los sistemas sanitarios han estado colapsados o muy cercanos al colapso y hay personas que no han recibido tratamiento o, por miedo, no han acudido a los centros sanitarios. Todo esto podría haber acelerado su fallecimiento por no recibir atención sanitaria. "

https://www.elconfidencial.com/tecnologia/ciencia/2020-07-06/ismael-huerta-asturias-covid19-coronavirus-brotes_2667380/