Reparto herencia Castilla y León + ISD

Mi padre falleció sin realizar testamento en Castilla y León. Somos tres hermanos. Y de acuerdo al régimen común, mi madre será usufructuaria de un tercio de la masa hereditaria, y los tres hermanos herederos de 2/3, y nudo propietarios del tercio restante. 

La herencia comprende varios inmuebles, dos de los cuáles mi padre era propietario al 100% y otros solo el 50% junto a mi madre, además de ahorros bancarios.

Con los inmuebles que solo eran propiedad de mi padre, mi madre será (si así se decide) usufructuaria. 

Con respecto a los inmuebles que tenían al 50% dentro de la sociedad de gananciales ¿Existe la posibilidad de que dentro de la disolución ella obtenga la propiedad del 100% los pisos, y los hijos dinero por cantidad equivalente?

sí, se puede hacer el reparto de los bienes gananciales según considereis, CUMPLIENDO SIEMPRE QUE EL VALOR DEL LOTE DE CADA UNO SEA EL MISMO 

en la disolución y liquidación de bienes gananciales, la intervención de los hijos se limita simplemente a dar su conformidad. 

ya que el lote asignado al cónyuge causante pasará a integrar, junto con sus bienes y derechos privativos la masa hereditaria

Muchas gracias por la respuesta. También tengo dudas con los valores a asignar a cada inmueble a la hora del reparto en la aceptación de herencia, y liquidación de impuesto de sucesiones. He leído que debe incluirse el mayor entre valor de mercado y valor  de referencia. Entiendo que debe ser el mismo en ambos documentos (escritura e impuesto) . Con las bonificaciones actuales, entiendo que es mejor consignar un valor de mercado realista, (tal y como está el mercado) ya que en caso de venta, el valor en el ISD es el valor de adquisición en una ganancia patrimonial? Estoy en lo cierto?

Si pones el valor de referencia la Comunidad autónoma no puede ponerlo en cuestión, para eso se creó el valor de referencia. El valor de mercado no aplica en ISD pero la CA no lo cuestionará si lo pones más alto que el de referencia catastral.  
Si pones un valor excesivamente alto para rebajar la ganancia patrimonial futura, hacienda en el momento de la  venta, o hasta cuatro años después,  podrá ponerlo en cuestión previa tasación retrospectiva y exigirte la ganancia patrimonial referenciada al valor de mercado en el momento de la herencia.