Amortizaciones para calcular ganancia patrimonial por venta de vivienda

Buenas tardes, 

Tengo una duda sobre un requerimiento del año 2020. 
Me reclaman el importe de unas amortizaciones que se descuentan en el precio de adquisicion de una vivienda que tuve alquilada por 6 años. 
Yo puse la suma de los importes que me salia en cada una de las declaraciones (las calculaba automaticamente) y me reclaman dos años anteriores que el piso tambien estuvo alquilado durante solo dos meses cada año. (Solo esos dos, el resto todo el año)

En la motivacion de la liquidacion provisional que me han mandado me dicen que segun el precio de adquisicion que es mayor que el valor de construccion, hay que calcular el 3% de ese precio de adquisicion menos el suelo. Ellos calculan 1.036 euros, lo cual entiendo que es para todos los años igual ya que el valor catastral no varia. 

Efectivamente, los dos primeros años no puse amortización porque no llegaba al año entero de alquiler y no me la deduje, sin embargo, me la suman en la liquidacion. 

Por otro lado, otros años, la amortizacion me salia por 2.950 euros, una cantidad que declaré en la venta pero que es mayor que la que ellos calculan anualmente. 

Su calculo es de 1.036 X 2 y esa es la diferencia que tengo que pagar. 

Mis preguntas son: 

1. Aunque no me lo haya deducido en su momento y solo lo haya tenido alquilado dos meses, ¿es correcto aplicar en la venta los 1.036 por año igualmente?
2. A mi la cuenta me sale positiva, es decir, ha habido años que he declarado mas amortizacion que los 1.036, ¿es que eso no cuenta?
3.La liquidación me la enviaron ayer con fecha 23 de junio y el plazo acaba el 4 de julio, ya fuera del plazo de prescripción, ?lo que cuenta es la fecha que me lo notifican a mi?
4. ¿Me recomendais pedir cita en la Agencia Tributaria para esto o es mejor mandar mis cuentas electronicamente como la documentación que envié en su momento?

Muchas gracias,

Aunque no lo hayas deducido, hay que aplicar la amortización por el tiempo en que haya estado alquilado para calcular el valor de adquisición del inmueble.
Es probable que te hayan aplicado la amortización de todo el año porque tú pusieras en tu autoliquidación que estuvo arrendado todo el año: comprueba si consta que sólo lo estuvo 60 días y que aplicaste imputación inmobiliaria por el resto del año. Si es así, alega que sólo corresponde la amortización por 2 meses; si pusiste que estuvo arrendado todo el año para ahorrarte la imputación inmobiliaria, será más difícil justificar que, en realidad, no fue así: apórtales los contratos y los documentos de finalización de los mismos, y diles que sólo fueron 2 meses, a ver si se lo creen.
No cuenta lo que tú hayas declarado de amortización, sino la que corresponde realmente. Si, cuando la aplicaste como gasto, pusiste un valor de adquisición más alto que el real, pues te aplicaste un gasto superior al que corresponde; esos años han prescrito y no pueden liquidarte.
El plazo de prescripción se interrumpió el día que te notificaron el inicio del procedimiento de comprobación (cuando te mandaran el requerimiento ése al que dices que contestaste "mandando documentos electrónicamente").
Ir a la oficina no te soluciona nada: quien te va a atender no es quien está haciendo la comprobación; sólo vale para resolver dudas, y eso ya lo estás haciendo aquí. Pero hay a quien le gusta comentar el expediente con el auxiliar del mostrador, que te mandará a Registro a que entregues tus alegaciones. Ya decides tú el tiempo que tienes y en qué quieres emplearlo.

Aclaradismo y fenomenal. 
Mil gracias :)