Venta de empresa por autonomo - Calculo de Ganancia Patrimonial

Buenas tardes, soy autonomo franquiciado y voy a vender mi empresa a la propia franquicia para que sean ellos quienes sigan con la misma actividad 

El local en donde desarrollo mi negocio lo tengo alquilado a un arrendador por tanto lo que venderé basicamente es el fondo de comercio y la imagen de la misma en cuanto a mobiliario, decoración....etc, ya que en su día se hizo una inversion importante de obra civil para acondicionar el local (iluminacion, suelos, vinilos decorativos....etc). 

Veo que tendré que tributar en el IRPF  por la ganancia patrimonial y que esta será la diferencia entre el valor de venta y el valor contable. 

Mi pregunta es que partidas se pueden computar en el valor contable para que restadas del valor de venta sirvan para calcular la ganancia patrimonial real (por ejemplo entiendo que lo logico seria que las amortizaciones que tengo aun pendientes de la inversion inicial se puedan incluir aquí, ¿no?).

¿Puede decirme alguno de ustedes que partidas legalmente se pueden considerar para minorar el valor de la ganancia patrimonial?

Gracias por anticipado por sus comentarios

Aparte de las inversiones materiales, puedes incluir lo que pagaras de entrada al franquiciador. Supongo que lo tienes contabilizado como inmovilizado y lo estás amortizando también.

Gracias por su comentario @juan-lackland 

Entiendo entonces que todos los elementos incluidos en el Libro Registro de Bienes de Inversión - Inmovilizado computarán para minorar la ganancia patrimonial.

Es correcto esto? O quizás solo la parte de estos que reste por amortizar, ya que en mi IRPF año a año veo que ha habido una amortizacion?

Sólo lo que reste por amortizar.