Hola,
En principio, sí. Residir habitualmente en un domicilio es una cuestión de hecho que debes demostrar y convencer a la AEAT de que es así para que, ante un requerimiento, finalmente no regularicen tu declaración valorando como indebida la deducción por inversión en vivienda habitual.
Es conocido que la propia Agencia Tributaria, si detecta que en un domicilio no hay consumo, aunque aportes el empadronamiento, no estima nunca esta alegación como válida, y elimina la deducción con la consiguiente devolución y sanción.
Por tanto, en tu caso, pudiendo demostrar que esa vivienda está habitada mediante justificantes de consumo, en principio el empadronamiento no debería ser ningún problema porque es la propia Admón. la que no lo considera como prueba válida. Al menos cuando es a favor del contribuyente, si es a su favor quizás le den una validez absoluta, lo que te obligaría a recurrir el acto para reclamar la deducción.
Si no has cambiado el domicilio fiscal y la vivienda presenta consumos, no me preocuparía en exceso, ya que el dato de consumo se remite anualmente por las compañías a la AEAT anualmente ya que existe una obligación de intercambio de información mediante declaración informativa y, por el contrario, no sé hasta que punto la AEAT tiene acceso a los datos padronales.
Espero haberte ayudado a ponerte en contexto para que puedas decidir,
Un saludo.