Subvención para reformar vivienda vacía para alquiler social a precio asequible

La subvención imagino que no estará declarada como exenta por el organismo que la concede, así que sería una ganancia patrimonial en la base general del impuesto.
Lo que puedes restar es lo que realmente te gastes en la reforma, con independencia de que haya subvención o no. Tienes que verlo como temas distintos.
Lo que sea mejoras (por ejemplo, poner ventanas más aislantes) se va amortizando al 3% junto con el valor de construcción de la vivienda, lo que sea mantenimiento (pintar, o cambiar la ventana por una similar) es un gasto que restas en el ejercicio de lo obtenido por el alquiler, y si el resultado es negativo, tienes 4 años más para compensar con los ingresos del alquiler.
Los gastos en mejoras que no vayas amortizando con el alquiler se sumaría al valor de adquisición en el caso de una futura venta. 
Todo ello, siempre que tengas facturas legales.

La subvención sería del ayuntamiento comarcal y el importe sería mediante presentación de facturas legales por supuesto.

No se si estaría exento en renta ese ámbito comarcal? pero creo entender por lo que dice usted que esa ganancia patrimonial se podría sumar al precio de adquisición en una futura venta y no se perdería el posible "coste" que supusiera el incremento patrimonial actual aunque no se pudiera amortizar en su totalidad la subvención?

Al ser la vivienda antigua necesita reformas bastante profundas, incluso nuevas instalaciones de agua y electricidad, aparte de los nuevos certificados... no se si realmente merecería la pena solicitar subvención para alquilar por debajo del precio de mercado(es un requisito) y posiblemente problemas futuros con inquilinos seguramente problemáticos. Este párrafo es una reflexión, perdone.
La pregunta sería ¿los importes del alquiler que los inquilinos pudiesen dejar de pagar se podrían restar igualmente como gastos en el cálculo de los rendimientos en la renta? y los desperfectos y reparaciones,papeleo burocrático etc?

Gracias

no creo entonces que la subvención esté exenta del IRPF.
Que puedas sumar los gastos al valor de adquisición es lo comentado antes: tiene que suponer una mejora. Cambiar la instalación eléctrica o la fontanería porque están fatal no es mejora, si no mantenimiento, y se deduce como gastos del alquiler. Poner paneles solares, ventanas más aislantes, un ascensor etc, sí son mejoras
Si metes un inquilino y no te paga, tienes que reclamarle fehacientemente el pago para poder restarlo, y solo para las mensualidades para las que hayan transcurrido 6 meses en el momento de la reclamación (en 2020 con el Covid lo redujeron a 3). Con lo cual los dueños se ven muchas veces obligados a pagar por unos ingresos que no han recibido.