Buenas noches Ariel,
En primer lugar, indicarte que sintiéndolo mucho no me quedan 100% claras las premisas de tu post. De este modo, entiendo (corrígeme si no es así) que la vivienda pertenecía en un 50% a tu suegro y que, el otro 50% se reparte en nuda propiedad entre una tercera persona (asumo que irrelevante quien sea para la cuestión) y en usufructo perteneciente a tu suegro. Por otro lado, también entiendo que la declaración (de la renta) a la que haces mención es únicamente la de tu suegro. Por último, desconozco cual es el fin de mencionar que era su vivienda habitual pero se domicilió en otra CC.AA. Presupongo que lo indicas de cara a la exención por reinversión en nueva vivienda habitual, pero sería necesario confirmarlo.
Tomando esas premisas que te expongo como las que deseas transmitir, indicarte que consignes en la declaración la realidad del reparto de titularidad. De este modo, si tiene un 50% en pleno dominio y del restante 50% solo el usufructo, debe ser indicado así.
Por otro lado, la ganancia patrimonial derivada de la venta no se determina entre el valor de tasación del bien y su valor efectivo de venta, sino como la diferencia entre el "coste de adquisición" y el "valor de trasmisión" (tal y como los determina la ley de IRPF). Es imposible conocer, con los datos que aportas, la cantidad que correspondería abonar. De igual modo, es imposible determinar también si procede la exención mencionada en el primer párrafo.
Un saludo,