Factura por el desarrollo de una app

Hola a todos,

Tengo una duda sobre cómo debería facturar el desarrollo de una app. 
Una pyme española nos ha encargado a un socio de Ecuador y a mí el desarrollo de un software/app. ¿Cuál sería la forma más cómoda de hacerle la factura correspondiente a la empresa?

Actualmente yo resido en España y mi compañero en Ecuador. Supongo que uno de los dos debería registrarse como autónomo. ¿Sería mejor que fuera mi socio de Ecuador quién se registrara y emitiera la factura ya que en su país el IVA es menor?

 

Muchas gracias de antemano y un saludo.