Duda cómo confeccionar libro registro de compras IRPf autónomo inspección hacienda

Hola,tengo una duda. Persona física que ejercía la actividad de comercio menor de alimentos durante el año 2016 y ha recibido por parte de Hacienda, requerimiento para la comprobación de su declaración de la renta, relativo a los gastos declarados en dicha actividad económica, en concreto, se imputaron gastos de compras de mercaderías, suministros y otros gastos fiscalmente deducibles.Utilizo un progrma de contabilidad y me permite generar el libro registro de compras/gastos en Irpf, pero me surgen las siguientes cuestiones: a la hora de contabilidar, ordenaba las facturas pro proveedor cada trimestre y las contabilizaba, con lo cual a la hora de darle la impresión de dicho libro registro, me las saca ordenadas del 1 al final, pero en esa agrupación ¿sería correcto o debería de ordenarme las facturas por fechas del 1 de Enero al 31 de diciembre y renumerarlas, ya que también me piden escaneadas dichas facturas?. Luego, también en ese listado aparecen incluidos los gastos de suministros y otros gastos ficalmente deducibles, ¿debo de separararlos en otro listado por esas partidas?.Muchas gracias.

Yo si no estas seguro me pondría en manos de un profesional,

Al ser el IRPF lo que te estan pidiendo es normal que te pidan el libro de compras y gastos anual, ademas al estar en recargo de equivalencia no vas a tener nunca libro de facturas recibidas.

Nos e que programa usas pero ante todo que no cunda el pánico no tiene porque estar mal , pero claro los comercios al por menos tienen peligro por que no llevan existencias y deberian ya que no todo lo que se compra es gasto y si ademas sumamos que no declararas el 100% de lo que ingresas pues vienen esos problemas. (A lo mejor eres el único que lo declaras todo)
yo tambien he tenido comprobaciones de autonomos que incluso no tienen apenas gastos.