¿Pago del alquiler con fianza?

Hola, muy buenas, soy arrendador de un local comercial, el arrendatario ha dejado el local sin previo aviso, ha quedado a deber 3 meses de alquiler. En este caso la fianza que me ha entregado en el momento de hacer el contrato, que equivale a dos mensualidades, no se la voy a devolver por incumplimiento de contrato, y aún asi me quedaría un mes sin cobrar. Puedo destinar la cantidad de la fianza al pago de 2 mensualidades, como si el inquilino hubiera pagado el mes de noviembre y diciembre de 2017?. Lo pregunto porque en el contrato en una de sus claúsulas pone: "La fianza, en ningun caso puede considerarse como pago de la renta".
En caso de no poder destinarla al pago de la renta como se declara?, se le aplicaría el iva?
Que hago con el mes de enero?, si se ha ido y no ha comunicado que abandonaba el local tengo aún así que declararlo?.

Si la fianza está en tu poder, obviamente puedes quedártela a cuenta de esa deuda. Y si está en poder de la Comunidad autónoma, debes presentar un escrito para que no la devuelvan y quede retenida hasta que cobres o la embargues.

La fianza la he depositado en la cuenta de la Comunidad Autonoma, pero no sé si podre solicitarla sin más. Creo que hablando con el arrendatario si el me hiciera un papel conforme rescinde el contrato y con fecha de 3 meses atrás, aunque yo saliera perdiendo y me deba un mes aún así quizas ganase si logro que con ese papel me devuelvan la fianza.

El papel que te dije es para evitar que él se adelante y le devuelvan la fianza. Lo primero es pedir que la retengan hasta que todo se solucione, una vez retenida será el momento de reclamarle a él teniendo esa garantía por si no pagara.

Gracias