Si te practicas la deducción en 2016, es evidente que te puedan reclamar el importe deducido por considerar que no te corresponde. Pero eso nos puede ocurrir a todos los que solicitamos una deducción.
Como la situación la tienes en trámite, yo en tu lugar apuraría el plazo de la declaración para ver si te lo resuelven antes de la finalización de la campaña del año 2016.
Pero bajo mi punto de vista, aunque consideren que en el año 2012 no te correspondía la deducción, podrías hacerlo si en los ejercicios anteriores lo hiciste si nos atenermos a lo que dice la normativa:
(Copio y pego)
Disposición transitoria decimoctava.Deducción por inversión en vivienda habitual
1. Podrán aplicar la deducción por inversión en vivienda habitual en los términos previstos en el apartado 2 de esta disposición:
a) Los contribuyentes que hubieran adquirido su vivienda habitual con anterioridad a 1 de enero de 2013 o satisfecho cantidades con anterioridad a dicha fecha para la construcción de la misma.
(…)
En todo caso, resultará necesario que el contribuyente hubiera practicado la deducción por inversión en vivienda habitual en relación con las cantidades satisfechas para la adquisición o construcción de dicha vivienda en un período impositivo devengado con anterioridad a 1 de enero de 2013, salvo que hubiera resultado de aplicación lo dispuesto en el artículo 68.1.2.ª de esta Ley en su redacción vigente a 31 de diciembre de 2012.
Fuente: Ley IRPF
.(Fin de la copia)
Lo que yo entiendo, es que si por esa vivienda te has deducido en el año 2012 y anteriores, tienes derecho a practicarte la deducción aunque te rechacen la del año 2012.
Un saludo.