Entiendo que declaras dos tipos de rendimientos por dos actividades distintas.
a)Rentas del Trabajo por actividad por cuenta ajena , donde tienes como gasto deducible las cuotas de la SS.SS pagadas por el empleado.
b)Rentas de Actividades Agrícolas y Ganaderas : Si estas están en estimación directa (Pagina 5 del PADRE) , tienes una casilla (099)donde poner estos pagos como gasto deducible. Si están en estimación objetiva por Módulos (Pagina 7 del PADRE), no se consideran estos pagos para nada , ya que la tributación se hace en función de unos parámetros que engloban todo.
El convenio especial puede que si corresponde al régimen general por Rendimientos del Trabajo por cuenta ajena , si se pueda incluir con las cotización ya incluidas en este apartado casilla (011) (Pagina 3(I) del PADRE).
Saludos