Declaración de la Renta 2015: pensión y alquiler, obligación a declarar

Hola,

Mi madre es pensionista, con unos ingresos bajos que la eximirían de hacer la renta. Por la pensión no le retienen nada.
Por otra parte recibe unos ingresos anuales de poco más de 1.000 euros por el rendimiento neto de una Comunidad de Bienes que tenemos exclusivamente para alquilar un piso a un negocio. Creo que tanto por ser Comunidad de Bienes, como por ser más de 1.000 euros de rentas inmobiliarias esto la obliga a hacer la declaración.
Mi sorpresa ha sido que la declaración le sale a pagar, a pesar de que están descontadas las retenciones que le hacemos al arrendatario del piso.
Entiendo que lo que pasa es que en el momento que hace la declaración tiene que pagar el IRPF de la pensión, lo que no deja de ser una faena ya que ni la pensión es alta, ni el ingreso por el alquiler lo es.
¿Alguien me podría confirmar si esto es así y darme algún consejo?
Muchas gracias, MJ