PADRE 2012, Autonomo primer año, duda con IRPF y pago por parte empresa

Hola,

Estoy usando el programa PADRE para la declaración con los datos fiscales que tienen, estuve trabajando el año pasado y facturé 12000€ (programación,etc. 763), pagué el IVA tal y como correspondía e incluí en las facturas el (7%) del importe de la factura.

Esos aproximadamente 700€ de IRPF son el 7% que se supone que el primer año de autonomo pagas en lugar de un % superior, la empresa ingresó el IRPF por mi, en mi caso la factura es de antes de Agosto de 2012. Tengo seleccionado "estimación directa simplificada".

Tengo el resguardo en el que la empresa ha pagado el dinero a Hacienda, en la casilla 745 he puesto yo este IRPF que la empresa ha pagado por mi, y yo he incluido la quota de la SS en la casilla 112. En principio yo he cumplido con el IVA y el IRPF, es decir, no deberia tener que pagar nada ¿correcto? salen más de 300€ a ingresar y no tiene sentido.

Todo el tema de cuentas del banco,etc. En principio, ya ha pillado los valores y es un rendimiento de 250€ de una Cuenta Naranja al cabo de un año, no tengo grandes capitales con lo cual no tengo preocupaciones de pagos extras.

Por otro lado, tengo acciones que aún no he incluído (pero que no van a cambiar mucho el valor final).

¿Alguna idea de que puedo haber puesto de forma incorrecta? ¿Debo indicar que se me aplique el 7% y no otro porcentaje por ser el primer año de autonomo o ... ?

Necesitaría un poco de ayuda, cualquier consejo será bienvenido.

Un saludo y gracias de antemano.