Te voy a dar mi opinión sobre el tema.
El aviso que te sale en Renta WEB, no me parece correcto.
Según la normativa, cumples los requisitos. Copio y pego:
Disposición transitoria decimoquinta. Deducción por alquiler de la vivienda habitual.
1. Podrán aplicar la deducción por alquiler de la vivienda habitual en los términos previstos en el apartado 2 de esta disposición, los contribuyentes que hubieran celebrado un contrato de arrendamiento con anterioridad a 1 de enero de 2015 por el que hubieran satisfecho, con anterioridad a dicha fecha, cantidades por el alquiler de su vivienda habitual.
En todo caso, resultará necesario que el contribuyente hubiera tenido derecho a la deducción por alquiler de la vivienda habitual en relación con las cantidades satisfechas por el alquiler de dicha vivienda en un período impositivo devengado con anterioridad a 1 de enero de 2015.
(Fin de la copia)
Fuente: Ley IRPF.
En ningún momento se dice que te hayas deducido en los ejercicios anteriores al de 2015, sino que solamente es necesario que hubieses tenido derecho. Y tu, al parecer lo tenías.
Por otra parte en el Manual de Renta de 2016 de la Agencia Tributaria, en su página 580 dice:
Se aplicará el régimen transitorio si el contrato se celebró con anterioridad a 2015 aunque en 2014 y/o ejercicios anteriores no se haya aplicado la deducción por alquiler de vivienda habitual pese a haberse cumplido los requisitos para su aplicación.
Un saludo.