No deberías tener problema. Piensa que a la hora de rellenar el modelo 100 puedes incluir todos los gastos, si así te parece, en la casilla 217 'otros conceptos fiscalmente deducibles'. ¿Es lo más adecuado? no. ¿Hay algún problema? pues tampoco.
Como dije, no hay problema ya que, según indicas, su valor no es superior a 300 euros y puedes amortizar libremente. Puedes incluirlo como 'otros aprovisionamientos' o 'otros consumos'.
No se como funciona el programa que usas, pero podrías probar a añadirlo como bien de inversión e intentar marcar, si la hay, la opción 'libertad de amortización' o, si tienes la opción, poner como porcentaje de amortización el 100%. Si no, no te compliques y ponlo como una compra de existencias/otros consumos o como otros gastos fiscalmente deducibles.
La puedes incluir en amortización de inmovilizado material y meter como gasto por amortización la totalidad. El valor del bien es justo el límite que marca la Ley de Impuesto de Sociedades para poder deducir como gasto la totalidad del valor de adquisición (Art. 12.3. e)
Pide cita en Hacienda y que te la hagan, ellos entenderán mejor la situación viendo tus datos fiscales, porque por aquí, tal y como lo has expuesto, es un lío.
Consejo: cambia de gestor. Si la adquisición de la vivienda habitual vía hipoteca fue anterior a 2013 y aplicaste dicha deducción en cualquier declaración anterior a 2012 (incluido), nada te impide volver a aplicarla aunque en 2017 se le pasara (siempre que siga siendo tu vivienda habitual, claro).
Añadir a lo que te comenta @batiscafo
que NO se deben sumar sus rendimientos a los de los progenitores ya que no forma parte de la unidad familiar en lo que a tributación conjunta se refiere. Entiendo que RentaWeb no pone la advertencia de NO OBLIGADO porque si presenta declaración le devuelven las retenciones.
Busca la escritura de compra y gastos relacionados con la misma, haces la conversión peseta-eur y lo rellenas, todo al 50%. Lo más probable es que el valor catastral sea superior al de compra, pero para asegurarte, compruébalo.