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Paaskinnen 08/11/20 23:57

Ha comentado en el artículo Ya está aquí La Niña y es grande

¿Qué pinto yo aquí?Nada, porque de climatología, fenómenos tipo ENSO y demás, no tengo ni idea. Pero me ha resultado curioso constatar que en otra parte de este blog se cita que un tal Michael Shellenberger, al parecer otrora adalid del alarmismo vinculado al cambio climático -y repito que carezco de opinión al respecto- se ha retractado de sus viejas posiciones y se ha disculpado frente a la comunidad internacional al caersele la venda de los ojos tras vislumbrar de cerca una auténtica crisis, una crisis de envergadura real, con muertos reales por cientos de miles a lo largo y ancho de todo el planeta, y un horizonte de depresión económica y desajuste social como no se han visto en el ultimo siglo.La crisis del coronavirus. Me pregunto -y pregunto al administrador del blog- si podría seguir divagando aquí sobre el tema, o soy un advenedizo que tiene que aguardar su turno para explayarse en el foro adecuado.Saludos.

Paaskinnen 04/11/20 21:17

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Muchas gracias por tu comentario.Lo que he tratado de hacer es una revisión rápida de tipo comparativo entre los dos coronavirus, sus características generales y sus respectivas pandemias. Te agradezco haber podido utilizar un espacio en tu blog para aclararme un poco yo mísmo. Tan solo un par de precisiones.Los datos numéricos que he manejado son los oficiales. Tampoco sabemos si las cifras del SARS reflejan lo que pasó realmente hace años. Pero tienes razón en que la casusistica en la actual pandemia debe ser mucho mayor. Lo que califico como una cifra inasumible lo hago en el contexto de la mencionada comparación.Un apunte sobre el mercado. Me he mirado el tema bastante a fondo, dentro de mis posibilidades, y no he encontrado información fidedigna de que el mercado de Wuhan fuera un foco secundario, más allá de las declaraciones a la prensa que hizo el director del CDC chino, George Fu Gao, hacia mayo. Si el mercado, como dijo Gao, fue una víctima y no el orígen de la infección, habría que determinar dónde estuvo el foco primario. Es notorio el buen trabajo que hicieron en 2003 y la enorme incertidumbre que ha rodeado los primeros momentos de esta pandemia. Si se pretende combatir las tendencias conspirativas lo mejor es ir con la verdad por delante.Y otro apunte final en el mismo sentido sobre el coronavirus detectado en un murciélago de una cueva de Yunnan en 2013. Tras haberle dado muchas vueltas he alcanzado lo que creo son algunas certezas. Por resumir te diré que lo que sus descubridores hicieron fue un estudio genético de muestras fecales de ese animal en dos pasos. Hacia 2013 secuenciaron un fragmento del gen RpRd que subieron a las bases de datos como perteneciente a BtCoV/4991. Luego se desinteresaron del tema hasta 2018 en que decidieron ampliar la secuenciación, obtenidendo el genoma de lo que a primeros de enero presentan en Nature como Bt RaTG13. Este es el famoso virus que comparte una identidad genética del 96% con el Sars-CoV-2, la mayor encontrada hasta ahora. Así que BtCoV/4991 es un fragmento genómico minúsculo de Bt RaTG13 y ámbos son sólo eso: secuencias genéticas. No es un virus aislado y cultivado. O no lo es, al menos en principio. Pero tú sabes mejor que yo que, con las técnicas apropiadas, se puede sintetizar un RNA "de carne y hueso" a partir de una secuencia "sobre el papel". Un saludo.

Paaskinnen 02/11/20 14:39

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

No creo que el artículo que manejamos invalide de plano mi hipótesis. Hay que tener en cuenta que en él se describen casos de pacientes chinos correspondientes a los primeros meses de la primera ola, cuando la gravedad de los cuadros era muy importante. Lógicamente las variantes víricas con deleciones cercanas al sitio de clivage eran en ese momento una excepción y constituían un porcentaje bajísimo en el espetro de mutantes del virus. Pero es curioso que en la tabla 2 del escrito se presenten los tres casos con la deleción, y que curiosamente correspondan a casos leves -dos de ellos- o asintomáticos -el tercero-. En los tres casos la muestra recogida es un hisopado nasofaríngeo estudiado directamente. Dos de los casos tuvieron una infección recidivante, indicando posiblemente que la repuesta inmune que desarrollaron en la primera infección fue muy débil y/o transitoria. Al no ser mayoritarias en el espectro de mutantes -el porcentaje de variantes de cuasiespecies con la deleción osciló entre 8.8 y 32.8% del total- es lógico que en la secuenciación rutinaria se pasen por alto dado que a las bases de datos sólo se reportan secuencias de consenso. Y para terminar, un artículo más reciente, esta vez realizado en Barcelona y cuyo enlace te dejo abajo, en el que se abunda en la misma idea. Tras estudiar en el mes de marzo a 18 pacientes mediante una secuenciación profunda de muestras nasofaríngeas, los autores detectan un pequeño porcentaje de cuasiespecies -2.2%- con delecion predominante en la región polibásica adyacente al clivage en todos los casos leves y en la mitad de los severos.En conclusión, sería interesante realizar una secuenciación profunda de muestras obtenidas en esta segunda ola con objeto de valorar si el porcentaje de variantes víricas con la deleción se mantiene estable o se está incrementando. En este segundo caso ese dato podría ayudar a explicar la aparente menor viruencia de las cepas de Sars-CoV-2 actualmente circulantes en Europa.Ref.: Andrés C et al (2020). "Naturally occurring SARS-CoV-2 gene deletions close to the spike S1/S2 cleavage site in the viral quasispecies of COVID19 patients". Emerging Microbes & Infections, 9:1, 1900-1911, DOI: 10.1080/22221751.2020.1806735.

Paaskinnen 02/11/20 00:25

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Gracias por la observación, pero lo que he escrito, como hipótesis que es, carece todavía de apoyo empírico. Si lo tuviera sería un hecho comprobado.Sin embargo, discrepo de lo que dices, porque sí que hay algún trabajo en el que se han observado variantes víricas con deleciones en muestras clínicas de pacientes. Lo que ocurre es que esas variantes son minoritarias y para detectarlas se exige un tipo de secuenciación profunda que no se practica en la rutina diaria. En el trabajo que te reseño al pie se puede leer: "The deletion of QTQTN was detected in 3 of 68 clinical samples" y que "such variants may be underrepresented in databases due to the low frequency and consequent elimination upon consensus sequence generation". Buenas noches.Ref.: Liu Z, Zheng H et al. 2020. Identification of common deletions in the spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. J Virol 94:e00790-20. https://doi.org/10.1128/JVI.00790-20.

Paaskinnen 01/11/20 23:51

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Efectivamente, no hay publicaciones que indiquen que la patogenicidad del virus vaya a menos, aunque sí hay estudios animales que demuestran que la pérdida "in vitro" -en cultivos y pases seriados por células Vero E6- de la secuencia polibásica en la interfase S1-S2 de la proteína spike genera variantes víricas que apenas les afectan, como tú mismo apuntaste ayer - "Siu-Ying Lau et al (2020) Attenuated SARS-CoV-2 variants with deletions at the S1/S2 junction, Emerging Microbes & Infections, 9:1, 837-842, DOI: 10.1080/22221751.2020.1756700-".Bien, mi hipótesis sería que algo "comparable" a un pase seriado por células, pero esta vez "in vivo", podría ser la transmisión ininterrumpida del virus por el epitelio nasofaríngeo de millones de seres humanos, particularmente niños y jóvenes. Se sabe que el interferón de las células epiteliales es el de tipo III -o lambda-, y no origina apenas una respuesta inflamatoria local, por lo que el virus podría multiplicarse en un ambiente que sería, hasta cierto punto, comparable al de un cultivo celular "in vitro". En estas circunstancias el virus tendería a ir perdiendo las secuencias QTQTN y SPRRAR, lo que le volvería menos patogénico. Al circular en la población lo haría mezclandose con los clados previos, más patogénicos, en un conjunto de cuasiespecies cuyo resultado final, aleatorio, podría ser una merma global de su patogenicidad.Así, si suponemos que la variante atenuada constituye el 50% de la cuasiespecie, el síndrome resultante de la infección humana tendería a ser la mitad de grave. La infectividad sería la de siempre, o sea alta, pero la tasa de letalidad tendería a ser más y más baja conforme este ciclo se fuera repitiendo.En conclusión, la tendencia de la Covid-19 debería ir evolucionando, en unos cuantos meses más, hacia cuadros de menor gravedad, con poca o nula afectación pulmonar, hasta terminar por equipararse a la de los otros miembros de la familia que causan un resfriado común.Un saludo.

Paaskinnen 01/11/20 21:39

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Muy agradecido por tu respuesta.Mi idea es ver si son extrapolables los hallazgos "in vitro" del artículo que cité en mi anterior comentario, a lo que parece estar ocurriendo en esta segunda ola.Parece claro que los clados del virus circulantes en la primera ola, procedentes directamente de China con escala en Italia y algun otro sitio, eran mucho más patogénicos que los que circulan ahora. Posiblemente el estricto confinamiento de marzo impidió su propagación y ahora parecen prácticamente extinguidos, o circulan como cuasiespecies minoritarias o incluso vestigiales, entremezclados con clados de la segunda ola. En ésta, la única mutación que parece relevante es la D614G en la proteína espicular del virus. Se trata de un cambio que parece haber aumentado la contagiosidad del coronavirus -si es que eso era posible- pero no habría modificado su virulencia.Si tomamos como un indicador global de patogenicidad las tasas de mortalidad, tendremos que concluir que, como dichas tasas están en descenso en toda Europa, los clados del virus circulantes en esta segunda ola parecerían ser, en conjunto, menos patogénicos.Para tratar de explicarlo, es aquí donde querría dar el salto desde los hallazgos de laboratorio del artículo, a las evidencias epidemiológicas que vamos acumulando en esta últimas semanas.Aunque puedo entender que ahora mísmo no esté el horno para bollos en el blog. Ya me dirás.Saludos.

Paaskinnen 01/11/20 17:08

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Buenas tardes.Al hilo del artículo que citas aquí querría hacerte una consulta a propósito de un trabajo similar que muestra que Sars-CoV-2 tiende a perder secuencias en la región previa al clivage S1-S2 en la proteína spike cuando el virus es mantenido en pases seriados por células Vero E6. En dicho trabajo -cuyo enlace te dejo al final- se ve que de la secuencia previa al clivage, o sea, QTQTNSPRRAR, la sección QTQTN desaparece en algo más del 2% al tercer pase, y la SPRRAR -básica en la patogenia de este virus- en algo más del 22% en el mismo momento. Considerando que QTQTN sólo existe en el actual coronavirus, en Bat RaTG13 y en el del pangolin de 2109, y la secuencia polibásica -PRRAR- es exclusiva de Sars-CoV-2, mi pregunta es: ¿Qué hace que esta región sea tan inestable cuando se cultiva el virus en células Vero E6?¿Acaso el sistema de corrección de errores del virus no puede reparar esta deleción?¿Tiene que ver con que las células Vero sean defectivas en interferón?. Y si es así, ¿Qué significado práctico se te ocurre que puede tener de cara al comportamiento del virus en esta seguna ola?Entiendo que es mucho pedir, pero resulta que pocas veces se puede tener acceso a alguien experto en biología molecular.Muchas gracias.Ref: Ogando NS et al. "SARS-coronavirus-2 replication in Vero E6 cells: replication kinetics, rapid adaptation and cytopathology". J Gen Virol, 2020. DOI 10.1099/jgv.0.001453. .

Paaskinnen 31/10/20 14:28

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Hay bastante información sobre la influencia genética en la severidad de la Covid-19 si bien es muy compleja de entender -al menos para mí- y no creo que pase de un estadío preliminar. Quizá lo más asentado sea lo de los grupos sanguíneos. En el caso concreto del sudeste asiático hay un trabajo de Hugo Zeberg y Svante Pääbo que relaciona el riesgo de contraer la infección con un determinado haplotipo de origen neandertal que es más prevalente en el sur de Asia -30%- que en Europa -8%- y que está casi ausente en el sudeste asiático, China, Corea y Japón. Por si quieres profundizar en el tema te dejo la cita debajo.Zeberg, H. et al. The major genetic risk factor for severe COVID19 is inherited from Neanderthals. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2818-3 (2020).

Paaskinnen 31/10/20 13:38

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Ya que citas el caso de Vietnam por sus buenas cifras pese a que sus habitantes duplican a los de España y sus recursos sanitarios parecen mucho menores, me gustaría que reparases en la situación global del sudeste asiático y en particular en los paises de Laos -24 casos, cero muertos-, Camboya -291 casos, cero muertos- y Tailandia -3780 casos, 5 muertos-. En tasas por cien mil habitantes las cifras son aún más expresivas: Laos 0.3, Vietnam 1.2, Camboya 1.8 y Tailandia 5.4. Dudo que la explicación que das para Vietnam sea también aplicable a sus vecinos. Hay algo más que se nos escapa, aunque personalmente dispongo de una teoría epidemiológica plausible aunque demasiado novedosa. Estaría encantado en conocer tu opinión. Saludos.

Paaskinnen 28/10/20 22:08

Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo

Mientras leía este interesante y un tanto trangresor artículo, recibo noticias de que se suceden en avalancha toda una serie de cierres perimetrales autonómicos y/o munipales a lo largo y ancho de toda España, y de que Francia va a repetir el confinamiento domiciliario de primavera, quizá algo más atenuado esta vez, y de que en Alemania también se anuncian restricciones de algunas actividades. Y todo esto no parece ser sino el comienzo de un tsunami de amedrentamiento que va a recorrer Europa con la excusa del dichoso virus. Por de pronto auguro una medida severa en España para después del puente de Todos los Santos, salvo que en los proximos días pase algo raro. Estoy totalmente de acuerdo con con la recomendación básica final que creo extraer tras la lectura de este post, y que se resumiría en que debemos saber gestionar muy bien nuestro miedo para no dejarnos llevar por los que lo manejan con no sabemos qué oscuras intenciones. Aquí no puedo dejar de citar un famoso libro de Naomi Klein titulado "La doctrina del shock", que si bien fue escrito en un contexto diferente del que nos ocupa, encierra un mensaje que no deja de resultar evocador en los tiempos que corren. Y por ahora lo dejo aquí. Saludos a todos.