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Participaciones del usuario Paaskinnen

Paaskinnen 07/11/20 17:55
Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo
 El mercado no era un mercado de animales vivos.El famoso mecado de Wuhan es una estructura enorme dividida en dos secciones por la calle Xinhua que lo atraviesa de norte a sur. En total ocupa una supericie de 50.000 metros cuadrados, siendo la sección occidental la que se dedica principalmente a la venta de pescados y mariscos en sus más de mil puestos de venta.Pero no sólo eso. Según puede leerse en un artículo de Nature de principios de 2020  -Wu F. et al. " A new coronavirus associated with human respiratory disease in China". Nature 2020; 579: 265-269" -en este mercado hay una gran variedad de animales salvajes vivos, como erizos, tejones, serpientes, aves -tórtolas-, así como canales y carne de otros animales.En los primeros día de enero, el CDC de Wuhan efectuó la recogida de 585 muestras ambientales en 22 puestos de venta y en un camión de basuras del mercado. Detectaron 33 muestras positivas, de las cuales el 94% correspondían a la sección occidental, y casi la mitad de ellas a unas calles exteriores próximas a esta parte del mercado.No he conseguido saber con seguridad si se analizaron restos de animales en esa época, aunque hay datos indirectos de que en enero se efectuaron algunos estudios por parte del CDC con resultados negativos. El 3 de marzo el equipo de Shi Zengli, del Instituto de Virología de Wuhan, cursó una segunda visita al mercado para llevarse muestras orgánicas congeladas y posteriormente declaró que eran todas negativas. A finales de mayo, George F. Gao, director del CDC chino, informa de esto a la prensa, generando el famoso titular de que el mercado no es el origen del virus, sino una víctima más. 
Paaskinnen 06/11/20 23:17
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 Un galés que era profesor en Wuhan desarrolló síntomas el 25 de noviembre, y le confirmaron en enero que había sido COVID. Se le murió el gato de la misma enfermedad. Vuelvo otra vez con el tema de Connor Reed, el profesor de inglés que contrajo la infección a finales de noviembre de 2019 y recibió el diagnóstico el 15 de enero de 2020, supongo que con  alguna muestra respiratoria recogida en el hospital el 6 de diciembre y procesada retrospectivamente por RT-PCR -ya se podía hacer esta técnica en Wuhan desde el día 11-. Connor tuvo síntomas leves antes del 1 de diciembre, por lo que pudo propagar la infección tanto fuera como dentro del mercado de Wuhan, al que solía ir, al menos durante casi una semana. No me atrevería a pensar que se trató de un supercontagiador, pero tampoco lo descarto. En cuanto al gato, he revisado el tema un poco por encima y he visto que estos felinos son susceptibles de infectarse por Sars-CoV-2, pero lo hacen de forma asintomática. Tras el inicio de la epidemia en Wuhan se vió que hasta un 15% de gatos analizados eran portadores de anticuerpos, especialmente los gatos domésticos frente  los callejeros, lo que indicaría que contraen la infección en las casas en relación con la enfermedad de sus dueños. También se ha comprobado experimentalmente que unos gatos pueden infectar a otros pero no parece que puedan infectar a las personas. Lo que no he leído es que este coronavirus sea letal para los gatos.
Paaskinnen 05/11/20 23:09
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 La figura 1B es incompatible con un origen en el mercado. En esta figura se ve que el día 1 de diciembre de 2019 hay un caso de fuera del mercado, el día 10 tres casos, uno del mercado, y el día 15 dos casos, ambos del mercado. Luego hay un goteo de casos relacionados con el mercado y a partir del día 20, los casos del mercado son claramente predominantes. Entiendo que quieres decir que el primero de todos los casos corresponde a un supercontagiador que introduce al virus en el mercado, o que alguien del mercado se infecta de alguien de fuera y se convierte luego en un supercontagiador. ¿Pudo ser tal vez Connor Read, el profesor de inglés que presentó los primeros síntomas el 25 de noviembre de 2019 y acudió al Hospital Universitario de Zhongnan el 6 de diciembre aquejado de una neumonía?. Total, le llevó apenas unos veinte minutos llegar en taxi desde su apartamento. Si miramos el mapa de Wuhan, en ese tiempo se puede recorrer en taxi un área alrededor del citado Hospital dentro de la que está el mercado. ¿Es posible que Connor viviera cerca del mercado?¿Es posible que lo frecuentara?Reconozco que he leído el diario de Connor sin ninguna esperanza de encontrar este dato. Pero, al final, la perseverancia ha tenido su recompensa. En uno de los últimos párrafos, cuando ya la epidemia en la ciudad era más que un rumor, Connor escribe: "Maybe I caught the coronavirus at the fish market. It’s a great place to get food on a budget, a part of the real Wuhan that ordinary Chinese people use every day, and I regularly do my shopping there."No está mal como inicio de un thriller virológico. 
Paaskinnen 04/11/20 21:17
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Muchas gracias por tu comentario.Lo que he tratado de hacer es una revisión rápida de tipo comparativo entre los dos coronavirus, sus características generales y sus respectivas pandemias. Te agradezco haber podido utilizar un espacio en tu blog para aclararme un poco yo mísmo. Tan solo un par de precisiones.Los datos numéricos que he manejado son los oficiales. Tampoco sabemos si las cifras del SARS reflejan lo que pasó realmente hace años. Pero tienes razón en que la casusistica en la actual pandemia debe ser mucho mayor. Lo que califico como una cifra inasumible lo hago en el contexto de la mencionada comparación.Un apunte sobre el mercado. Me he mirado el tema bastante a fondo, dentro de mis posibilidades, y no he encontrado información fidedigna de que el mercado de Wuhan fuera un foco secundario, más allá de las declaraciones a la prensa que hizo el director del CDC chino, George Fu Gao, hacia mayo. Si el mercado, como dijo Gao, fue una víctima y no el orígen de la infección, habría que determinar dónde estuvo el foco primario. Es notorio el buen trabajo que hicieron en 2003 y la enorme incertidumbre que ha rodeado los primeros momentos de esta pandemia. Si se pretende combatir las tendencias conspirativas lo mejor es ir con la verdad por delante.Y otro apunte final en el mismo sentido sobre el coronavirus detectado en un murciélago de una cueva de Yunnan en 2013. Tras haberle dado muchas vueltas he alcanzado lo que creo son algunas certezas. Por resumir te diré que lo que sus descubridores hicieron fue un estudio genético de muestras fecales de ese animal en dos pasos. Hacia 2013 secuenciaron un fragmento del gen RpRd que subieron a las bases de datos como perteneciente a BtCoV/4991. Luego se desinteresaron del tema hasta 2018 en que decidieron ampliar la secuenciación, obtenidendo el genoma de lo que a primeros de enero presentan en Nature como Bt RaTG13. Este es el famoso virus que comparte una identidad genética del 96% con el Sars-CoV-2, la mayor encontrada hasta ahora. Así que BtCoV/4991 es un fragmento genómico minúsculo de Bt RaTG13 y ámbos son sólo eso: secuencias genéticas. No es un virus aislado y cultivado. O no lo es, al menos en principio. Pero tú sabes mejor que yo que, con las técnicas apropiadas, se puede sintetizar un RNA "de carne y hueso"  a partir de una secuencia "sobre el papel". Un saludo. 
Paaskinnen 04/11/20 18:23
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 Y ahora, para rematar el anterior comentario, hablemos un poco de algunas de las diferencias que se me han ido ocurriendo entre el antiguo brote de SARS y la actual pandemia. ZOONOSIS. La pasada epidemia de SARS fue una zoonosis incuestionable. Un virus con una identidad genética superior al 99% estaba presente tanto en pacientes como en civetas, y los primeros casos eran trabajadores de mercados húmedos o cocineros que habían tenido contacto con esos animales. En la actual pandemia, el SARS-CoV-2 no se ha detectado todavía en ningún reservorio animal. En el mercado de Wuhan, donde aparecieron varios de los primeros casos de la infección, no constan datos de animales infectados por el nuevo coronavirus. Este patógeno sólo ha sido encontrado sobre las superficies de algunos puestos de venta, en un camión de basura y en aguas residuales. Para invocar un origen zoonótico ha sido necesario rastrear en una lejana secuencia genética de un virus detectado en murciélagos de herradura capturados en 2013 a miles de kilómetros del mercado de Wuhan, y “ensamblarlo” con otro virus detectado en pangolines decomisados en Guangdong en 2019. En el mercado no se vendían murciélagos y es dudoso que se comerciara con pangolines. Aun así, el virus híbrido resultante no pasaría de una identidad del 98% con el SARS-CoV-2 en las secuencias proteicas y, en cualquier caso, no parece portarlo ningún animal intermedio conocido. Tenemos que aceptar que la nueva pandemia es una zoonosis por analogía con el primer SARS, pero no hay pruebas inequívocas de ello. VIRUS. La identidad del virus del SARS con el coronavirus actual es escasamente del 80%. Ambos coinciden en usar el receptor ACE2 para penetrar en las células, pero los aminoácidos críticos para la fijación de la proteína S al mismo son casi todos diferentes entre ambos virus. Esto no es impedimento para que el nuevo virus se fije a ACE2 igual de bien, o tal vez mejor, que el virus del SARS lo hizo en su momento. Pero a diferencia de éste, dispone de posibles correceptores, como una secuencia RGD de fijación a integrinas, que probablemente incrementan notablemente su capacidad infectiva. Asimismo el actual coronavirus presenta una secuencia polibásica en la región de clivaje de la proteína S, que funcionaría tanto como un motivo de adhesión a glicanos en mucosas y endotelios, como representaría un motivo reconocible por proteasas tipo furina para la invasión multiorgánica. ADAPTACIÓN AL SER HUMANO. Parece seguro que el virus del SARS necesitó de un periodo relativamente largo para adaptarse al ser humano desde sus reservorios animales, pero cuando lo hizo la transmisión fue eficiente aunque no óptima. Los pacientes enfermos tardaban varios días en ser contagiosos y la transmisión en sitios cerrados era limitada. Por el contrario, el actual coronavirus parece ser que ha emergido completamente capacitado para una eficaz transmisión entre las personas sin precisar adaptaciones ulteriores, se transmite antes del periodo sintomático de la infección y es muy contagioso en lugares cerrados gracias a los aerosoles. CLINICA. Ambos virus presentan en su neumotropismo su principal seña de identidad, pero su fijación a la mucosa orofaríngea es desigual. El virus actual presenta cargas virales miles de veces más altas en faringe que el del SARS aunque con muy baja respuesta inflamatoria local. Esto podría explicar que el actual virus pueda propagarse entre humanos varios días antes del comienzo de la sintomatología, en tanto que el virus del SARS solo se mostraba transmisible tras varios días de sintomatología respiratoria. Una de las grandes dificultades para controlar la propagación de este nuevo virus radicaría precisamente en la misma razón que explicó en su momento la relativa facilidad con que se controló la difusión epidémica del SARS. TRATAMIENTOS Y VACUNAS. El virus del SARS desapareció antes de que se encontrara un tratamiento o se desarrollara una vacuna. El coronavirus actual, por el contrario, tiene en su haber el record de ser uno de los patógenos que más tratamientos tentativos ha suscitado, sin que hasta ahora ninguno de ellos se haya demostrado inequívocamente eficaz.  Por otro lado, en el plano de la prevención existe todo un arsenal de prototipos vacunales en distintos estadíos de desarrollo cuya eficacia en la práctica está pendiente de ser evaluada. LETALIDAD. El brote de SARS mostró una tasa final de mortalidad en torno al 10% posiblemente porque apenas existió el fenómeno de los casos asintomáticos que, contrariamente, es la regla en la actual pandemia. Eso significa que en el SARS la mayoría de los pacientes presentaron cuadros de moderados a severos, en claro contraste con la situación actual, en la que una mayoría de contagiados desarrollan síntomas leves o son completamente asintomáticos. Dado que el nuevo coronavirus continúa presente en la actualidad todavía no es posible establecer una cifra de letalidad final, pero las estimaciones preliminares la sitúan alrededor del 1% de los casos. El problema no obstante no es tanto establecer una tasa porcentual sino cuantificar las cifras absolutas de mortalidad. En efecto, aunque el SARS-CoV-2 no se muestra como un virus especialmente letal, su extraordinaria capacidad de propagación hace que en la actualidad estemos cercanos a los cuarenta y ocho millones de casos en el mundo. Aun con una mortalidad relativamente baja, la cifra actual de fallecidos en esta pandemia, en torno a 1.200.000 personas, resulta totalmente inasumible. Ni que decir tiene que cualquier corrección y nuevos matices sobre el tema serán bienvenidos. Saludos.  
Paaskinnen 03/11/20 22:08
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 Lo de la evolución del coronavirus a cepas menos severas son ilusiones (wishful thinking).Efectivamente, la posible atenuación del Sars-CoV-2 es, por el momento, una mera ilusión. En previos comentarios he intentado perfilar un posible mecanismo -el de la mezcla de cuasiespecies con diferentes grados de deleción en la región de clivage de la proteína S del virus- para sustentar esta ilusión, que, lógicamente, no pasa de ser una mera hipótesis. Pero ahora querría bajar a un territorio más realista y efectuar una comparación de la situación actual con lo que pasó en la pandemia del SARS de 2002-2003.Hacia noviembre de 2002 apareció en Guandong un brote de una neumonía atípica particularmente grave que se extendió rápidamente por la China continental, ocasionando más de cinco mil casos y casi 350 fallecidos. Muy pronto se vinculó con un nuevo coronavirus que fue también detectado en civetas y mapaches en mercados húmedos y restaurantes de la zona. En esa primera fase de la epidemia se observaron signos de una progresiva adaptación genética del virus a la especie humana en forma de una alta tasa de mutaciones no sinónimas en la proteína S del nuevo virus.Sin embargo, el 21 de febrero del 2003 se produjo un hecho epidemilógico de enorme relevancia. Está documentado que el cliente de un hotel de Hong Kong infectó a 16 huéspedes que, a su vez, dispersaron la infección por la propia ciudad, para posteriormente extenderse a partir de marzo por Singapur, Vietnam, Taiwan, Canadá y EEUU, principalmente. Hacia abril la pandemia se había extendido por el mundo. Gracias a la puesta en marcha de expeditivas medidas de salud pública y al hecho de que el virus se transmitía mal en los primeros cinco días de la enfermedad, en la que los casos podían ser puestos en cuarentena, la pandemia pudo ser controlada relativamente pronto, y el 5 de julio se dio por terminada. Con todo, el balance final arrojó la cifra de unos 8.000 casos y casi 800 fallecidos en todo el mundo. El virus en esta segunda fase mostró una gran homogeneidad genética fruto de una optimización adaptativa a los seres humanos tras el evento de "cuello de botella" del  hotel hongkonés.Entre mediados de diciembre de 2003 y los primeros días de 2004 se observó un pequeño brote con cuatro casos en Guangzhou, de curso relativamente benigno y sin originar nuevos casos secundarios. Se especuló con una reintroducción zoonótica de una nueva variante vírica que no tenía la adaptabilidad necesaria para transmitirse eficazmente entre humanos. Un estudio de esta nueva cepa efectuado en 2004 mostró cambios en algunos aminoácidos del motivo de unión al receptor de la proteína S del virus que generaba una unión deficiente a ACE2.Aunque Sars-CoV-2 respecto del virus del primer SARS, así como sus respectivas pandemias, tienen muchos aspectos diferentes, tenemos que confiar en que la historia final sea similar y en unos meses podamos dar por concluída esta pesadilla.  
Paaskinnen 02/11/20 14:39
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No creo que el artículo que manejamos invalide de plano mi hipótesis. Hay que tener en cuenta que en él se describen casos de pacientes chinos correspondientes a los primeros meses de la primera ola, cuando la gravedad de los cuadros era muy importante. Lógicamente las variantes víricas con deleciones cercanas al sitio de clivage eran en ese momento una excepción y constituían un porcentaje bajísimo en el espetro de mutantes del virus. Pero es curioso que en la tabla 2 del escrito se presenten los tres casos con la deleción, y que curiosamente correspondan a casos leves -dos de ellos- o asintomáticos -el tercero-. En los tres casos la muestra recogida es un hisopado nasofaríngeo estudiado directamente. Dos de los casos tuvieron una infección recidivante, indicando posiblemente que la repuesta inmune que desarrollaron en la primera infección fue muy débil y/o transitoria. Al no ser mayoritarias en el espectro de mutantes -el porcentaje de variantes de cuasiespecies con la deleción osciló entre 8.8 y 32.8% del total- es lógico que en la secuenciación rutinaria se pasen por alto dado que a las bases de datos sólo se reportan secuencias de consenso. Y para terminar, un artículo más reciente, esta vez realizado en Barcelona y cuyo enlace te dejo abajo, en el que se abunda en la misma idea. Tras estudiar en el mes de marzo a 18 pacientes mediante una secuenciación profunda de muestras nasofaríngeas, los autores detectan un pequeño porcentaje de cuasiespecies -2.2%- con delecion predominante en la región polibásica adyacente al clivage en todos los casos leves y en la mitad de los severos.En conclusión, sería interesante realizar una secuenciación profunda de muestras obtenidas en esta segunda ola con objeto de valorar si el porcentaje de variantes víricas con la deleción se mantiene estable o se está incrementando. En este segundo caso ese dato podría ayudar a explicar la aparente menor viruencia de las cepas de Sars-CoV-2 actualmente circulantes en Europa.Ref.:   Andrés C et al (2020). "Naturally occurring SARS-CoV-2 gene deletions close to the spike S1/S2 cleavage site in the viral quasispecies of COVID19 patients". Emerging Microbes & Infections, 9:1, 1900-1911, DOI: 10.1080/22221751.2020.1806735.
Paaskinnen 02/11/20 00:25
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Gracias por la observación, pero lo que he escrito, como hipótesis que es, carece todavía de apoyo empírico. Si lo tuviera sería un hecho comprobado.Sin embargo, discrepo de lo que dices, porque sí que hay algún trabajo en el que se han observado variantes víricas con deleciones en muestras clínicas de pacientes. Lo que ocurre es que esas variantes son minoritarias y para detectarlas se exige un tipo de secuenciación profunda que no se practica en la rutina diaria. En el trabajo que te reseño al pie se puede leer:  "The deletion of QTQTN was detected in 3 of 68 clinical samples" y que "such variants may be underrepresented in databases due to the low frequency and consequent elimination upon consensus sequence generation". Buenas noches.Ref.:  Liu Z, Zheng H et al. 2020. Identification of common deletions in the spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. J Virol 94:e00790-20. https://doi.org/10.1128/JVI.00790-20. 
Paaskinnen 01/11/20 23:51
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Efectivamente, no hay publicaciones que indiquen que la patogenicidad del virus vaya a menos, aunque sí hay estudios animales que demuestran que la pérdida "in vitro" -en cultivos y pases seriados por células Vero E6-  de la secuencia polibásica en la interfase S1-S2 de la proteína spike genera variantes víricas que apenas les afectan, como tú mismo apuntaste ayer - "Siu-Ying Lau et al (2020) Attenuated SARS-CoV-2 variants with deletions at the S1/S2 junction, Emerging Microbes & Infections, 9:1, 837-842, DOI: 10.1080/22221751.2020.1756700-".Bien, mi hipótesis sería que algo "comparable" a un pase seriado por células, pero esta vez "in vivo", podría ser la transmisión ininterrumpida del virus por el epitelio nasofaríngeo de millones de seres humanos, particularmente niños y jóvenes. Se sabe que el interferón de las células epiteliales es el de tipo III -o lambda-,  y no origina apenas una respuesta inflamatoria local, por lo que el virus podría multiplicarse en un ambiente que sería, hasta cierto punto, comparable al de un cultivo celular "in vitro". En estas circunstancias el virus tendería a ir perdiendo las secuencias QTQTN y SPRRAR, lo que le volvería menos patogénico. Al circular en la población lo haría mezclandose con los clados previos, más patogénicos, en un conjunto de cuasiespecies cuyo resultado final, aleatorio, podría ser una merma global de su patogenicidad.Así, si suponemos que la variante atenuada constituye el 50% de la cuasiespecie, el síndrome resultante de la infección humana tendería a ser la mitad de grave. La infectividad sería la de siempre, o sea alta, pero la tasa de letalidad tendería a ser más y más baja conforme este ciclo se fuera repitiendo.En conclusión, la tendencia de la Covid-19 debería ir evolucionando, en unos cuantos meses más, hacia cuadros de menor gravedad, con poca o nula afectación pulmonar,  hasta terminar por equipararse a la de los otros miembros de la familia que causan un resfriado común.Un saludo. 
Paaskinnen 01/11/20 21:39
Ha comentado en el artículo Coronavirus: Solo debemos temer al miedo
Muy agradecido por tu respuesta.Mi idea es ver si son extrapolables los hallazgos "in vitro" del artículo que cité en mi anterior comentario, a lo que parece estar ocurriendo en esta segunda ola.Parece claro que los clados del virus circulantes en la primera ola, procedentes directamente de China con escala en Italia y algun otro sitio, eran mucho más patogénicos que los que circulan ahora. Posiblemente el estricto confinamiento de marzo impidió su propagación y ahora parecen prácticamente extinguidos, o circulan como cuasiespecies minoritarias o incluso vestigiales, entremezclados con clados de la segunda ola. En ésta, la única mutación que parece relevante es la D614G en la proteína espicular del virus. Se trata de un cambio que parece haber aumentado la contagiosidad del coronavirus -si es que eso era posible- pero no habría modificado su virulencia.Si tomamos como un indicador global de patogenicidad las tasas de mortalidad, tendremos que concluir que, como dichas tasas están en descenso en toda Europa, los clados del virus circulantes en esta segunda ola parecerían ser, en conjunto, menos patogénicos.Para tratar de explicarlo, es aquí donde querría dar el salto desde los hallazgos de laboratorio del artículo, a las evidencias epidemiológicas que vamos acumulando en esta últimas semanas.Aunque puedo entender que ahora mísmo no esté el horno para bollos en el blog. Ya me dirás.Saludos.