Extinción de Condominio de dos inmuebles dudas

Mi caso es el siguiente,hace seis años me divorcie de mi pareja,hicimos disolución de gananciales de todos nuestros bienes excepto de dos inmuebles , la vivienda familiar libre de hipoteca y un apartamento libre de hipoteca también, situados cada uno en comunidades autónomas diferentes Castilla y León y Andalucia respectivamente.Actualmente queremos hacer extinción de condominio de esos dos inmuebles.
1.-La vivienda familiar adquirida en 2003 por un valor de 203.000 € la hemos tasado según valor de la comunidad autónoma que le da actualmente un valor aproximado de 173.000 € .
El apartamento adquirido en 1997 por 27.000€ tiene un valor por la comunidad autónoma andaluza  de 58.000 € aproximadamente.
Para cuadrar importes hemos valorado finalmente la vivienda familiar en 180.000 € y el apartamento en 80.000 € , de tal manera que el montante total asciende a 260.000 € entre dos 130.000 € cada uno.
El acuerdo es que mi ex se queda con la vivienda familiar (180.000 )y yo me quedo con el apartamento (con una compensación en metálico de 50.000€ por la diferencia.
¿ hay exceso de adjudicación ?
¿Está bien hecha la valoración en cuanto que el valor de la vivienda familiar es inferior al de adquisición aunque nos hemos basado en los valores de las haciendas de las comunidades autónomas, de cara a la agencia tributaria que nos pueda decir que se ha tasado por un valor inferior al de adquisición , o se considera el total en su conjunto?Por el contrario el apartamento no se podría tasar por debajo del valor que le da la comunidad autónoma ya que en ese caso nos revisarían con toda certeza¿ no es así?
En caso de una posterior venta de los inmuebles y de cara al IRPF mi duda es ¿que fecha y valor de adquisición se tiene en consideración  si el de la fecha de la escritura de extinción de condominio o la fecha y valor de adquisición ?ya que al valorarse el apartamento muy por encima del valor de adquisición  podría suponerme un susto con hacienda y todavía estamos a tiempo de corregir los valores para que sea lo menos gravoso posible.
Agradecería vuestras respuestas ya que me tiene agobiada y queremos resolverlo antes de que acabe el año.Gracias.

Hay exceso de adjudicación, pero como es inevitable, y se abona en metálico, no tributa de manera adicional. Ese aspecto está bien.

-Respecto a la tributación de AJD en la CA, con esos valores, la darían por buena al ser ambos superiores a los de referencia.

-Respecto a la posible plusvalía de renta, vamos a ver:
1)El que se adjudica el piso, transmite su mitad del apartamento:
Valor transmisión: 40.000
valor adquisición: 27.000
plusvalía: 13.000

 2)El que se adjudica el apartamento, transmite su mitad del piso:
Valor transmisión: 90.000
valor adquisición: 101.500
minusvalía: 11.500 

En ambos casos, podrían poner en cuestión el valor actual, sobre todo en el segundo ya que se declara pérdida, pero habiendo declarado por encima del de referencia, tienes argumentos para defenderlas. En cualquier caso, sería conveniente tener una tasación en vez de valorar las cosas a ojillo.

Entonces si lo entiendo bien, en cuanto a fechas y valores de cara a una posible venta futura, se tienen en cuenta las de adquisición originaria y las del condominio o se parte de lo escriturado en la extinción del condominio únicamente?disculpa si insisto,es que como ya hay una sentencia de divorcio que fijó unos valores similares a los que vamos a poner en la extinción pues también creíamos que la sentencia es la referencia. Gracias por tu rápida y clara respuesta. 

Para la renta, en caso de venta posterior, el que se lo ha quedado, tiene dos fechas y valores diferentes de adquisición. 
La primera mitad, la compra inicial con su pareja, según les costó. 
La segunda, la fecha de la escritura de extinción de condominio; valor, el que se fije en ese momento.

La sentencia tiene sus efectos, claro, pero a nivel de lo que estamos hablando, lo que prevalece es la escritura, la cual debe a mi entender, respetar la sentencia.

Me queda claro, muchas gracias por tu respuesta y explicación, un saludo.